PDB-4dlq: Crystal structure of the GAIN and HormR domains of CIRL 1/Latroph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dlq

タイトル

Crystal structure of the GAIN and HormR domains of CIRL 1/Latrophilin 1 (CL1)

要素

(Latrophilin-1) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / GAIN domain / includes the GPS motif / hormone binding domain / autoproteolysis / a-latrotoxin / extracellular domain

機能・相同性

機能・相同性情報

latrotoxin receptor activity / positive regulation of synapse maturation / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / : / toxic substance binding / cell adhesion molecule binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane ...
類似検索 - 分子機能

Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #610 / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #50 / Latrophilin-1 / GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / GAIN domain, N-terminal / GPCR-Autoproteolysis INducing (GAIN) domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Arac, D. / Boucard, A.A. / Bolliger, M.F. / Nguyen, J. / Soltis, M. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: A novel evolutionarily conserved domain of cell-adhesion GPCRs mediates autoproteolysis.
著者: Arac, D. / Boucard, A.A. / Bolliger, M.F. / Nguyen, J. / Soltis, S.M. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2012年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dlq.cif.gz	165.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dlq.ent.gz	133.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dlq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dlq_validation.pdf.gz	815.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dlq_full_validation.pdf.gz	817.1 KB	表示
XML形式データ	4dlq_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4dlq_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/4dlq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dloC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nkz-d 5bo0-d 5haw-d 3hta-2 5haw-1 4xzs-2 3on4-1 4xzs-1 2czj-4 4dlo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Latrophilin-1

B: Latrophilin-1

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.000, 124.000, 77.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-910- SO4

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Latrophilin-1 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 1 / CIRL-1 分子量: 41947.492 Da / 分子数: 1 / 断片: GAIN and HormR domains of CL1, UNP residues 460-837 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lphn1, Cirl, Cirl1, Cl1 / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O88917
#2: タンパク質・ペプチド	Latrophilin-1 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 1 / CIRL-1 分子量: 2257.556 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 838-850 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lphn1, Cirl, Cirl1, Cl1 / 発現宿主: Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O88917

#1: タンパク質

Latrophilin-1 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 1 / CIRL-1

分子量: 41947.492 Da / 分子数: 1 / 断片: GAIN and HormR domains of CL1, UNP residues 460-837 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lphn1, Cirl, Cirl1, Cl1 / 発現宿主:

Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O88917

#2: タンパク質・ペプチド

Latrophilin-1 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 1 / CIRL-1

分子量: 2257.556 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 838-850 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lphn1, Cirl, Cirl1, Cl1 / 発現宿主:

Trichoplusia Ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O88917

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 285分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.26M (NH4)2SO4, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.2M NaCl,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	65	1
2	65	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2009年7月7日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2009年7月7日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	2	1

反射

解像度: 1.85→35.9 Å / Num. all: 58629 / Num. obs: 58546 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.88	1,2	95.2
1.88-1.92	1,2	98.8
1.92-1.95	1,2	99.8
1.95-1.99	1,2	100
1.99-2.04	1,2	100
2.04-2.08	1,2	100
2.08-2.14	1,2	100
2.14-2.19	1,2	100
2.19-2.26	1,2	100
2.26-2.33	1,2	100
5.02-50	1,2	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→35.9 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1854	2936	5.01 %	random
R_work	0.1635	-	-	-
obs	0.1646	58546	99.87 %	-
all	-	58629	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.597 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8244 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.8244 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.6488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2857	0	136	275	3268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3086
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	4195
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.726	1143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	486
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-1.8804	0.2827	128	0.2473	2550	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8804-1.9128	0.2613	123	0.2258	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.9476	0.2639	135	0.1988	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9476-1.9851	0.1907	143	0.1823	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9851-2.0256	0.1929	141	0.1764	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0256-2.0696	0.2086	145	0.1582	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0696-2.1177	0.177	156	0.1517	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1707	0.1745	140	0.1508	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1707-2.2294	0.1709	133	0.1397	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2294-2.295	0.1869	125	0.1452	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.369	0.1792	131	0.1503	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.369-2.4537	0.1803	159	0.1484	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4537-2.5519	0.1704	119	0.1487	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5519-2.668	0.212	132	0.1593	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.8086	0.1657	150	0.1596	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8086-2.9845	0.1921	164	0.1615	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9845-3.2148	0.1942	149	0.1643	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2148-3.5381	0.1659	156	0.1445	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5381-4.0495	0.1436	143	0.1345	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0495-5.0996	0.1366	133	0.1374	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0996-35.9431	0.2242	131	0.1884	2813	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7406	0.4737	-0.2012	0.9682	0.6754	0.951	-0.0495	0.0412	-0.0588	0.03	-0.0545	0.0696	-0.1234	-0.1075	0	0.1553	0.0424	0.0003	0.1969	-0.0216	0.1638	53.3582	40.2048	10.6921
2	0.4494	-0.3195	-0.4784	0.4961	0.0342	0.6515	-0.1373	-0.0824	0.2552	-0.0218	-0.0822	0.1371	-0.1123	-0.7284	0	0.1989	0.0631	-0.0316	0.4722	-0.0663	0.3246	34.6181	34.177	-9.6373
3	0.3781	-0.2789	-0.2656	0.5995	-0.0183	1.0451	-0.2015	0.0528	0.2557	-0.093	-0.0317	0.3472	-0.0445	-0.4202	0	0.1481	-0.0404	0.0235	0.332	-0.0374	0.2506	33.7173	23.8585	-18.4086
4	0.7368	-0.3695	-0.0449	0.2722	-0.2369	0.689	0.0484	-0.2619	0.0062	0.1834	-0.088	0.1624	0.143	-0.3209	-0.0001	0.218	-0.0241	0.0317	0.257	0.0135	0.2321	44.6019	23.2365	-8.9871
5	0.1611	-0.4104	0.2991	0.734	-0.8049	0.9223	0.1151	0.1209	-0.011	-0.2885	-0.0402	-0.019	0.2997	-0.0309	-0	0.2722	-0.0632	-0.0319	0.1694	-0.0121	0.1622	47.0625	14.7042	-28.3377
6	0.5712	-0.2554	0.1924	0.1845	0.0695	0.4007	0.0714	-0.1394	-0.0743	0.1371	0.0446	0.0718	0.3677	-0.1033	-0	0.3008	-0.0595	-0.0209	0.1771	0.0305	0.2141	50.3688	13.567	-15.6866
7	0.046	0.0893	0.3	0.5323	0.2487	0.3578	0.0241	-0.0564	0.082	0.1017	0.013	0.0959	0.2211	0.0811	-0	0.2357	-0.0003	0.0112	0.1768	0.0013	0.1781	57.9419	14.4513	-11.4585
8	0.583	0.2411	0.5875	0.4934	0.2341	1.0111	0.0072	0.0342	-0.1138	0.0409	0.0801	-0.0752	0.2156	0.1268	0	0.1335	0.017	0.0014	0.076	-0.0027	0.1058	62.6469	15.7517	-12.2399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 474:532 )	A	474 - 532
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 533:577 )	A	533 - 577
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 578:633 )	A	578 - 633
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 634:665 )	A	634 - 665
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 666:713 )	A	666 - 713
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 714:745 )	A	714 - 745
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 746:782 )	A	746 - 782
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 783:837 ) OR ( CHAIN B AND RESID 838:852 )	A	783 - 837
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 783:837 ) OR ( CHAIN B AND RESID 838:852 )	B	838 - 852

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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