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- PDB-4dl8: Crystal structure of Trypanosoma brucei dUTPase with dUMP, planar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dl8
タイトルCrystal structure of Trypanosoma brucei dUTPase with dUMP, planar [AlF3-OPO3] transition state analogue, Mg2+, and Na+
要素Deoxyuridine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / all alpha NTP pyrophosphohydrolase / all alpha NTP pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
all-alpha NTP pyrophosphatase fold / Type II deoxyuridine triphosphatase / dUTPase/dCTP pyrophosphatase / dUTPase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / PHOSPHATE ION / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Deoxyuridine triphosphatase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / REFINED 4DKB / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: On the catalytic mechanism of dimeric dUTPases.
著者: Hemsworth, G.R. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7637
ポリマ－32,2041
非ポリマー5596
水2,990166
1
A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子

A: Deoxyuridine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,52614
ポリマ－64,4092
非ポリマー1,11712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area5830 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.590, 68.590, 123.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Deoxyuridine triphosphatase / deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase


分子量: 32204.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: 427 / 遺伝子: Tb927.7.5160 / プラスミド: pET-YSBLLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57ZH3, dUTP diphosphatase

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非ポリマー , 6種, 172分子

#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→28.203 Å / Num. all: 33398 / Num. obs: 33398 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.7 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.698-1.7915.70.9230.87417947100.92398.4
1.79-1.9150.5861.36810045350.586100
1.9-2.03160.3612.16873242870.361100
2.03-2.1916.70.213.76672040010.21100
2.19-2.416.30.145.46037736970.14100
2.4-2.6815.20.0957.85117233630.095100
2.68-3.115.70.06211.44702629880.062100
3.1-3.816.20.04215.34165725670.042100
3.8-5.3714.40.03218.82933320400.03299.9
5.37-29.77315.10.0315.61830212100.0399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: REFINED 4DKB
開始モデル: PDB ENTRY 4DKB

4dkb


解像度: 1.698→28.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1759 / WRfactor Rwork: 0.1545 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8909 / SU B: 1.681 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0828 / SU Rfree: 0.0837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 1661 5 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
all0.1681 33398 --
obs0.1681 33293 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 424.2 Å2 / Biso mean: 25.9297 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 32 166 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0271836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9922493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94432893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1065222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52724.88184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82515297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.339158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it20.911.51114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6061.5452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it18.15521785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it21.2863722
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.6054.5708
LS精密化 シェル解像度: 1.698→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 121 -
Rwork0.263 2237 -
all-2358 -
obs--97.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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