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- PDB-4dkx: Crystal Structure of the Rab 6A'(Q72L) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dkx
タイトルCrystal Structure of the Rab 6A'(Q72L)
要素Ras-related protein Rab-6A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTP binding fold / Membrane trafficking / GTP / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / myosin V binding ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / intra-Golgi vesicle-mediated transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / endomembrane system / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / trans-Golgi network / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / Golgi membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, H.H. / Shin, Y.-C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Rab6A'(Q72L) mutant reveals unexpected GDP/Mg2+ binding with opened GTP-binding domain
著者: Shin, Y.-C. / Yoon, J.H. / Jang, T.-H. / Kim, S.Y. / Heo, W.D. / So, I. / Jeon, J.-H. / Park, H.H.
履歴
登録2012年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2016
ポリマ－49,2662
非ポリマー9354
水4,450247
1
A: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1003
ポリマ－24,6331
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1003
ポリマ－24,6331
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.838, 96.780, 109.997
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6A / RAB GTPase / Rab-6


分子量: 24632.896 Da / 分子数: 2 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB6A, RAB6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20340
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 62-88 ARE BASED ON ISOFORM 2 OF RAB6A_HUMAN (P20340). RESIDUES 62, 87 AND 88 ARE ILE, ALA ...RESIDUES 62-88 ARE BASED ON ISOFORM 2 OF RAB6A_HUMAN (P20340). RESIDUES 62, 87 AND 88 ARE ILE, ALA AND ALA RESPECTIVELY IN ISOFORM 2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 200mM Calcium acetate, 100mM Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.39 Å / Num. obs: 31899 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 3.093 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25036 1613 5.1 %RANDOM
Rwork0.19644 ---
obs0.19913 30283 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 58 247 2789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1751.9893495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16623.109119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63315479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3841525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3991.51520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38122458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.06131067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2344.51037
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 118 -
Rwork0.229 2198 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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