PDB-4dkw: Structure of P22 Large terminase nuclease domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dkw

タイトル

Structure of P22 Large terminase nuclease domain

要素

Large terminase protein

キーワード

HYDROLASE / DNA-packaging / Large terminase / Small terminase / nuclease fold / endonuclease / DNA / DNA-packaging motor

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase complex / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Roy, A. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of p22 headful packaging nuclease.
著者: Roy, A. / Cingolani, G.

履歴

登録	2012年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dkw.cif.gz	357.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dkw.ent.gz	292.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dkw_validation.pdf.gz	471.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dkw_full_validation.pdf.gz	486.2 KB	表示
XML形式データ	4dkw_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	4dkw_validation.cif.gz	63.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wbnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gud-2 6ajp-d 3mii-3 5gii-d 4g6u-2 4ibt-4 2ocj-1 4ibz-3 4huj-1 6kfc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Large terminase protein

B: Large terminase protein

C: Large terminase protein

D: Large terminase protein

ヘテロ分子

99 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Large terminase protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Large terminase protein

ヘテロ分子

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3

C: Large terminase protein

ヘテロ分子

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4

D: Large terminase protein

ヘテロ分子

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24.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.921, 139.795, 61.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 289 - 482 / Label seq-ID: 1 - 194

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain 'A' and (resseq 289:482 )	A	A
2	chain 'B' and (resseq 289:482 )	B	B
3	chain 'C' and (resseq 289:482 )	C	C
4	chain 'D' and (resseq 289:482 )	D	D

詳細

The asymmetric unit contains four identical copies of P22 Large terminase nuclease domain, which is monomeric in solution

#1: タンパク質	Large terminase protein / DNA-packaging protein gp2 / Terminase large subunit 分子量: 24613.914 Da / 分子数: 4 / 断片: nuclease domain (UNP Residues 289-499) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 遺伝子: 2, gene 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26745
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M magnesium sulfate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月1日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: l,-k,h / Fraction: 0.493
反射	解像度: 2.02→15 Å / Num. obs: 60520 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3673 / R_sym value: 0.61 / % possible all: 54.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WBN

2wbn

解像度: 2.02→14.968 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	2250	3.72 %	thin shells resolution
R_work	0.1656	-	-	-
obs	0.1672	60494	81.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.4 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9997 Å²	-0 Å²	0.1305 Å²
2-	-	-1.9809 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.9805 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→14.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6376	0	28	1112	7516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	8892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.675	2388
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	860
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1168

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1593	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	2	B	1593	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	3	C	1593	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
1	4	D	1593	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.0698	0.3792	123	0.3181	2594	X-RAY DIFFRACTION	42
2.0698-2.1065	0.3036	133	0.3056	2892	X-RAY DIFFRACTION	45
2.1065-2.1458	0.3054	122	0.2892	3167	X-RAY DIFFRACTION	52
2.1458-2.1883	0.3046	141	0.2888	3622	X-RAY DIFFRACTION	57
2.1883-2.2344	0.3145	159	0.2789	4191	X-RAY DIFFRACTION	67
2.2344-2.2846	0.2706	172	0.2508	4861	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2846-2.3397	0.2958	198	0.2443	5434	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3397-2.4005	0.2399	193	0.2286	5407	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4005-2.4681	0.3105	190	0.2275	5497	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4681-2.5441	0.2243	183	0.2135	5604	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5441-2.6304	0.1841	192	0.1972	5569	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6304-2.7297	0.2258	195	0.1915	5542	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7297-2.846	0.2241	196	0.1793	5579	X-RAY DIFFRACTION	90
2.846-2.985	0.1753	146	0.1672	5697	X-RAY DIFFRACTION	91
2.985-3.1559	0.1763	163	0.1533	5778	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1559-3.3742	0.1944	155	0.1359	5805	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3742-3.6689	0.1853	121	0.1221	5792	X-RAY DIFFRACTION	93
3.6689-4.1041	0.1458	240	0.1076	5851	X-RAY DIFFRACTION	92
4.1041-4.8652	0.1231	203	0.1014	5852	X-RAY DIFFRACTION	94
4.8652-7.0117	0.1622	338	0.1469	5753	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9207	-0.2333	0.5175	0.5377	0.0498	2.7927	-0.2951	-0.0504	0.2615	0.3196	-0.1693	-0.0385	-0.3713	0.0766	0.0574	0.5276	0.0188	-0.1662	0.2289	-0.0068	0.2145	-47.0351	39.6704	-39.9787
2	1.9107	-0.6276	-0.4128	1.6008	0.4092	0.9862	0.0409	-0.0373	-0.2689	0.0514	0.0686	0.3768	0.3868	-0.3322	-0.028	0.2801	-0.1026	-0.0403	0.3025	0.0746	0.1551	-60.126	26.2318	-40.845
3	0.2	0.0527	0.0289	0.4796	-0.5387	1.2468	-0.0386	-0.0617	0.0876	0.2063	0.1138	0.214	-0.0932	-0.069	-0.0392	0.4251	0.0251	0.0102	0.2074	0.039	-0.1212	-49.7101	30.629	-34.0819
4	2.1569	1.3675	-0.9618	1.5642	0.0014	3.079	-0.0306	0.2922	0.0314	-0.3616	-0.1826	0.3475	0.2127	-0.7932	0.0712	0.5016	0.0055	-0.1142	0.3402	-0.0919	0.2339	-51.0313	23.168	-53.2382
5	0.4787	-0.0762	-0.297	1.6086	0.15	1.1368	0.1933	-0.1627	0.0884	-0.2232	-0.2624	-0.163	-0.1701	-0.0174	-0.0707	0.2351	0.0288	0.0495	0.174	0.0111	0.0882	-66.2162	74.6288	-41.5917
6	0.8676	0.1707	0.2966	0.9253	0.431	1.8629	0.0174	-0.5297	-0.3383	0.5937	-0.1321	-0.0658	0.1918	0.1284	0.0105	0.4156	-0.0427	-0.0582	0.4387	0.2095	0.0782	-65.6548	60.9384	-28.7567
7	1.3567	-0.0697	0.1904	0.9482	0.6078	1.0959	-0.0424	0.0008	-0.2377	0.0827	0.1383	-0.1257	0.012	0.1186	-0.0993	0.199	-0.0083	-0.0227	0.1435	0.0075	0.1491	-59.9766	65.6124	-39.6852
8	3.4451	-0.7125	1.1041	2.0798	-1.0208	2.5865	-0.1107	-0.8159	-0.0694	0.5185	-0.1118	0.474	0.1786	-0.4501	0.1254	0.385	-0.0712	0.1692	0.2768	-0.0245	0.4034	-78.8376	57.894	-36.6829
9	1.2996	-0.5476	0.2401	1.0196	0.1092	2.1682	0.0993	0.241	-0.339	0.0695	0.0664	0.1044	0.0912	0.0552	-0.1026	0.3027	0.0051	-0.0296	0.1328	-0.062	0.2384	-40.9641	11.704	-8.9724
10	3.172	-0.2807	1.241	1.9417	0.1526	1.7702	0.0258	-0.0517	0.3412	0.1135	-0.1478	-0.6957	-0.5111	0.4996	-0.1485	0.3816	-0.1229	0.0205	0.3051	-0.0424	0.1183	-27.9572	25.1365	-7.2654
11	0.8045	-0.2304	0.238	0.3205	0.6067	1.7497	0.0332	0.1211	-0.0637	0.1893	0.0163	-0.1233	0.066	0.225	-0.0121	0.3105	-0.012	0.0137	0.1658	-0.0079	0.0723	-39.4358	20.6845	-2.5797
12	1.857	0.2178	-0.3676	1.5055	0.396	5.3845	0.0325	0.1146	0.1222	-0.2591	0.05	-0.1526	-0.557	0.7268	0.0639	0.3322	0.01	-0.0358	0.3961	0.0261	0.0444	-34.6227	28.3295	-21.0934
13	2.2063	0.1129	-0.1197	1.0796	0.2652	0.8563	-0.1663	-0.104	-0.3186	0.0739	0.2687	-0.3976	0.1869	0.2948	0.1034	0.264	0.0115	0.1507	0.1992	-0.0501	0.2662	-35.4566	46.622	-50.6983
14	1.3268	0.1345	-0.1798	1.2985	0.0276	2.032	-0.0198	0.4856	0.2064	-0.4662	0.0032	-0.2265	-0.0826	0.1762	0.0011	0.2386	-0.0338	0.0679	0.2747	0.0856	0.1793	-35.2842	60.1251	-63.751
15	2.2609	-0.002	-0.3331	0.5551	0.0821	1.1484	-0.1535	-0.0357	0.0262	-0.0271	0.2021	-0.093	0.0953	0.0176	-0.0114	0.2251	0.0099	0.0238	0.1878	-0.0161	0.2019	-29.4031	55.7074	-52.8234
16	4.1572	-0.0408	-1.5463	3.247	-1.3873	2.9707	-0.0137	0.3146	0.2232	-0.2604	0.0775	0.1472	-0.3232	-0.4932	-0.0564	0.2362	0.0307	0.0352	0.2257	0.0014	0.1644	-48.4259	63.0758	-55.7217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 289:314)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 315:395)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 396:469)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 470:482)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 289:314)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 315:395)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 396:469)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 470:482)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 289:314)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 315:395)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 396:469)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 470:482)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resseq 289:314)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 315:395)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 396:469)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 470:482)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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