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- PDB-4dk1: Crystal Structure of MacA-MexA chimeric protein, containing the P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dk1
タイトルCrystal Structure of MacA-MexA chimeric protein, containing the Pseudomonas aeruginosa MexA alpha-hairpin domain.
要素Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha-hairpin / lipoyl / beta-barrel domains / PERIPLASMIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


macrolide transmembrane transporter complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / extrinsic component of membrane / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #140 / Macrolide export protein MacA / : / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion ...N-terminal domain of TfIIb - #140 / Macrolide export protein MacA / : / Helix hairpin bin / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Other non-globular / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Special / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance protein MexA / Putative MacA
類似検索 - 構成要素
生物種Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.499 Å
データ登録者Xu, Y. / Ha, N.C.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2012
タイトル: Assembly and channel opening of outer membrane protein in tripartite drug efflux pumps of Gram-negative bacteria.
著者: Yongbin Xu / Arne Moeller / So-Young Jun / Minho Le / Bo-Young Yoon / Jin-Sik Kim / Kangseok Lee / Nam-Chul Ha /
要旨: Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is ...Gram-negative bacteria are capable of expelling diverse xenobiotic substances from within the cell by use of three-component efflux pumps in which the energy-activated inner membrane transporter is connected to the outer membrane channel protein via the membrane fusion protein. In this work, we describe the crystal structure of the membrane fusion protein MexA from the Pseudomonas aeruginosa MexAB-OprM pump in the hexameric ring arrangement. Electron microscopy study on the chimeric complex of MexA and the outer membrane protein OprM reveals that MexA makes a tip-to-tip interaction with OprM, which suggests a docking model for MexA and OprM. This docking model agrees well with genetic results and depicts detailed interactions. Opening of the OprM channel is accompanied by the simultaneous exposure of a protein structure resembling a six-bladed cogwheel, which intermeshes with the complementary cogwheel structure in the MexA hexamer. Taken together, we suggest an assembly and channel opening model for the MexAB-OprM pump. This study provides a better understanding of multidrug resistance in Gram-negative bacteria.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
B: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
C: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
D: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,3734
ポリマ－147,3734
非ポリマー00
水00
1
A: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
B: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA

A: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
B: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA

A: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
B: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,0606
ポリマ－221,0606
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area20570 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area88850 Å2
手法PISA
2
C: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
D: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA

C: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
D: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA

C: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA
D: Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,0606
ポリマ－221,0606
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area20440 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area89450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.708, 151.708, 216.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 42:74 OR RESSEQ 76:238 OR RESSEQ 242:255 OR RESSEQ 257:282 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 42:74 OR RESSEQ 76:238 OR RESSEQ 242:255 OR RESSEQ 257:282 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 42:74 OR RESSEQ 76:238 OR RESSEQ 242:255 OR RESSEQ 257:282 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 42:74 OR RESSEQ 76:238 OR RESSEQ 242:255 OR RESSEQ 257:282 )

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要素

#1: タンパク質
Putative MacA, Multidrug resistance protein mexA


分子量: 36843.281 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 30-88, 95-158, 181-394 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The chimeric protein of MacA (RESIDUES 30-88), mexA (RESIDUES 95-158), and MacA (RESIDUES 181-394)
由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: mexA, PA0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2EHL9, UniProt: P52477
配列の詳細THESE RESIDUES DERIVE FROM A VARIANT OF THE STRAIN OF THE BACTERIA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.85 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 0.16M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5) 23.5% PEG 400, EVAPORATION, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日
放射モノクロメーター: Double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.499→20 Å / Num. all: 36819 / Num. obs: 33690 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.499→19.951 Å / SU ML: 1.47 / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.368 1709 5.08 %Random
Rwork0.3141 ---
all0.3168 33685 --
obs0.3168 33667 91.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0.129 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.013 Å20 Å20 Å2
2---11.013 Å2-0 Å2
3---22.026 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.499→19.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8568 0 0 0 8568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0258652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.97311739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.0383219
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2071442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151514
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.119
13C1802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.11
14D1802X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4989-3.60130.41721400.4286269394
3.6013-3.71680.43621530.4087282198
3.7168-3.84870.36711490.3552270995
3.8487-4.00170.36511330.3183236481
4.0017-4.18220.38731130.3079228379
4.1822-4.40050.38311420.2786258790
4.4005-4.67280.35551410.283247485
4.6728-5.02830.30251540.2503263891
5.0283-5.52450.35211470.2687268892
5.5245-6.30180.33771400.2819281895
6.3018-7.85810.34611600.2686285097
7.8581-19.95110.37741370.3261303398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.0638 Å / Origin y: 78.0611 Å / Origin z: 137.541 Å
111213212223313233
T-0.0137 Å2-0.0182 Å2-0.0663 Å2-0.0058 Å20.0701 Å2---0.044 Å2
L0.0049 °2-0.0025 °2-0.0265 °2-0.0152 °20.0089 °2--0.0229 °2
S0.0273 Å °0.2699 Å °0.0049 Å °-0.2777 Å °-0.0144 Å °0.0799 Å °0.0036 Å °-0.0131 Å °-0.003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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