[日本語] English
万見
- PDB-4djh: Structure of the human kappa opioid receptor in complex with JDTic -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4djh
タイトルStructure of the human kappa opioid receptor in complex with JDTic
要素Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
キーワードHormone receptor/antagonist / JDtic / GPCR newtork / PSI-Biology / KOR / hKOR / KOP / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / GPCR Network / G-protein coupled receptor / GPCR / 7TM / kappa opioid receptor / dynorphin / membrane protein / transmembrane / Hormone receptor / Hydrolase / Hormone receptor-antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / receptor serine/threonine kinase binding / maternal behavior / conditioned place preference / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / peptidoglycan catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to insulin / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to estrogen / synaptic vesicle membrane / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / defense response to virus / perikaryon / response to ethanol / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / neuron projection / defense response to bacterium / immune response / dendrite / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-JDC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Endolysin / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo Sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Mileni, M. / Han, G.W. / Vardy, E. / Liu, W. / Thompson, A.A. / Huang, X.P. / Carroll, F.I. ...Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Mileni, M. / Han, G.W. / Vardy, E. / Liu, W. / Thompson, A.A. / Huang, X.P. / Carroll, F.I. / Mascarella, S.W. / Westkaemper, R.B. / Mosier, P.D. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: tructure of the human kappa-opioid receptor in complex with JDTic
著者: Wu, H. / Wacker, D. / Mileni, M. / Katritch, V. / Han, G.W. / Vardy, E. / Liu, W. / Thompson, A.A. / Huang, X.P. / Carroll, F.I. / Mascarella, S.W. / Westkaemper, R.B. / Mosier, P.D. / Roth, ...著者: Wu, H. / Wacker, D. / Mileni, M. / Katritch, V. / Han, G.W. / Vardy, E. / Liu, W. / Thompson, A.A. / Huang, X.P. / Carroll, F.I. / Mascarella, S.W. / Westkaemper, R.B. / Mosier, P.D. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22012年8月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
B: Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6309
ポリマ－108,5812
非ポリマー2,0497
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PISA
2
B: Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
ヘテロ分子

A: Kappa-type opioid receptor, Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6309
ポリマ－108,5812
非ポリマー2,0497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area2730 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area44330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.896, 147.297, 205.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細the dimeric quaternary structure has not been confirmed experimentally

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Kappa-type opioid receptor, Lysozyme / K-OR-1 / KOR-1


分子量: 54290.480 Da / 分子数: 2
断片: UNP P41145 residues 43-261, UNP P00720 residues 2-161, UNP P41145 residues 362-358
変異: I135L, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo Sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: OPRK, OPRK1, OPRK, e / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41145, UniProt: P00720

-
非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-JDC / (3R)-7-hydroxy-N-{(2S)-1-[(3R,4R)-4-(3-hydroxyphenyl)-3,4-dimethylpiperidin-1-yl]-3-methylbutan-2-yl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide / JDTic


分子量: 465.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H39N3O3 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 60

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 6.0, 30% (v/v) PEG400, 400 mM potassium nitrate, lipidic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
詳細: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 38323 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly Ala model of PDB entry 3ODU. ensemble of T4L models from PDB entries 2RH1, 3EML,3ODU, 3PBL, and 3RZE.

3odu

2rh1

3eml

3odu

3pbl

3rze


解像度: 2.9→35.861 Å / SU ML: 0.54 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES LOCATED NEAR THE LIGAND BINDING SITE AND AT THE END OF THE SIDE CHAIN OF CYS345 ON BOTH A AND B CHAINS. THEY HAVE NOT BEEN MODELLED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 1851 5 %
Rwork0.2266 --
obs0.2285 37023 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.003 Å2 / ksol: 0.301 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5962 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.379 Å20 Å2
3----4.2172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→35.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6932 0 132 25 7089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7679833
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1682521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.00360.48461560.37633245X-RAY DIFFRACTION92
3.0036-3.12380.33731720.31883416X-RAY DIFFRACTION96
3.1238-3.26590.34831940.26923480X-RAY DIFFRACTION98
3.2659-3.43790.3121910.26273504X-RAY DIFFRACTION99
3.4379-3.65310.29961970.24753522X-RAY DIFFRACTION99
3.6531-3.93490.281880.21433553X-RAY DIFFRACTION99
3.9349-4.33020.22871790.21033534X-RAY DIFFRACTION99
4.3302-4.95540.2231890.19373590X-RAY DIFFRACTION99
4.9554-6.2380.25722000.22683569X-RAY DIFFRACTION98
6.238-35.86420.22921850.2033759X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0389-0.41190.46912.6631.1810.7683-0.09590.09730.12020.08760.0754-0.31030.38140.26410.04220.69720.0246-0.00770.4607-0.03320.40094.6371-21.154849.2538
22.2730.26420.23352.7927-1.46614.51690.0841-0.723-0.38960.2728-0.04170.2822-0.2846-0.0690.02370.34920.0214-0.00020.88540.07580.5481-24.5103-10.57593.3733
34.0035-0.15250.44813.08690.1481.1365-0.11140.4115-0.03330.0448-0.05590.17071.0484-0.19770.1950.6302-0.08230.00970.3994-0.00130.5035-3.3462-26.716643.8287
41.9258-0.21940.79022.7825-0.30371.5448-0.1406-0.29330.17680.80080.0396-0.0401-0.438-0.29960.1120.6386-0.0004-0.04160.42330.01960.34262.8313-64.087649.7661
52.701-0.66871.38832.2448-1.35542.9089-0.0510.42670.2116-0.25010.0658-0.0091-0.0141-0.2441-0.00610.37880.01760.0240.89630.03550.416936.1971-64.42327.5263
63.4196-0.33870.51932.733-1.11854.2934-0.10990.27150.23060.38510.093-0.0933-1.23160.31290.00410.7469-0.099-0.11130.45320.02140.653310.2808-57.490144.8133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 55:261)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1002:1161)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 263:347)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 55:261)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1002:1161)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 263:347)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る