PDB-4dik: Flavo Di-iron protein H90A mutant from Thermotoga maritima

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dik

タイトル

Flavo Di-iron protein H90A mutant from Thermotoga maritima

要素

FLAVOPROTEIN

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / TM0755 / FLAVOPROTEIN / di-iron protein

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fang, H. / Caranto, J.D. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Kurtz Jr., D.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: Histidine ligand variants of a flavo-diiron protein: effects on structure and activities.
著者: Fang, H. / Caranto, J.D. / Mendoza, R. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Kurtz, D.M.

履歴

登録	2012年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dik.cif.gz	185.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dik.ent.gz	146.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dik_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dik_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	4dik_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	4dik_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4dik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4dik	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dilC 1vmeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dil-d 5v8s-d 3q25-2 6auj-d 2xr9-d 3way-d 5jqp-d 5ijs-d 6vr0-5 2ya8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FLAVOPROTEIN

B: FLAVOPROTEIN

ヘテロ分子

93.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.219, 96.007, 90.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FLAVOPROTEIN 分子量: 46727.668 Da / 分子数: 2 / 変異: H90A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0755, TM_0755 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZL4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON 分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M sodium acetate, 45% MPD, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 94279 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 9411 / R_sym value: 0.486 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VME

1vme

解像度: 1.75→29.129 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2153	4711	5 %	random
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.1925	94191	99.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3889 Å²	0 Å²	-6.7777 Å²
2-	-	5.1878 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.6114 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.129 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6450	0	9	430	6889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.185	9215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.308	2552
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	1017
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1166

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.747-1.7668	0.3495	144	0.3076	2718	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7668-1.7876	0.2748	157	0.2888	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7876-1.8094	0.3087	157	0.2684	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8094-1.8323	0.302	159	0.2555	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8323-1.8564	0.2875	156	0.2457	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8564-1.8819	0.3027	158	0.2391	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8819-1.9087	0.2874	158	0.2366	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9087-1.9372	0.2852	156	0.2161	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9372-1.9675	0.2644	159	0.2085	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9675-1.9997	0.2271	155	0.2017	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9997-2.0342	0.2425	157	0.1943	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0342-2.0712	0.2474	158	0.1973	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0712-2.111	0.258	159	0.1916	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.111-2.1541	0.206	156	0.1952	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1541-2.2009	0.2546	159	0.1894	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2009-2.2521	0.2392	158	0.1963	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2521-2.3084	0.2488	158	0.1928	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3084-2.3708	0.2382	157	0.1982	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3708-2.4405	0.2193	158	0.1949	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4405-2.5192	0.2182	158	0.1988	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5192-2.6092	0.2314	156	0.1999	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6092-2.7136	0.2465	157	0.2039	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7136-2.837	0.271	159	0.207	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.837-2.9865	0.2288	158	0.2019	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9865-3.1734	0.2225	159	0.1909	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1734-3.418	0.2018	158	0.1888	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.418-3.7614	0.19	158	0.1792	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7614-4.3041	0.1732	154	0.1641	2937	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3041-5.4171	0.1774	154	0.153	2920	X-RAY DIFFRACTION	96
5.4171-29.1332	0.1755	161	0.1944	3059	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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