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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dh4 | ||||||
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タイトル | Macrophage migration inhibitory factor Toxoplasma gondii | ||||||
![]() | MIF | ||||||
![]() | ISOMERASE / Trimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Richardson, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Immunological Characterization of Toxoplasma gondii Macrophage Migration Inhibitory Factor. 著者: Sommerville, C. / Richardson, J.M. / Williams, R.A. / Mottram, J.C. / Roberts, C.W. / Alexander, J. / Henriquez, F.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12078.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGGT1_032990, TGME49_090040, TGVEG_083780 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.82M ammonium sulphate, 100mM Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si (iii) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→49 Å / Num. all: 11318 / Num. obs: 11318 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.92 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1615 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.499 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.822→1.869 Å / Total num. of bins used: 20
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