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- PDB-4dgh: Structure of SulP Transporter STAS Domain from Vibrio Cholerae Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dgh
タイトルStructure of SulP Transporter STAS Domain from Vibrio Cholerae Refined to 1.9 Angstrom Resolution
要素Sulfate permease family protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STAS Domain / Anion Exchange / Membrane / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
STAS domain / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / Sulfate permease family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Keller, J.P. / Chang, C. / Marshall, N. / Bearden, J. / Dallos, P. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of SulP Transporter STAS Domain from Vibrio Cholerae Refined to 1.9 Angstrom Resolution
著者: Keller, J.P. / Chang, C. / Dallos, P. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfate permease family protein
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,41121
ポリマ－29,1922
非ポリマー2,21919
水1,78399
1
A: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,32440
ポリマ－58,3854
非ポリマー3,93936
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
Buried area10420 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
2
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,32244
ポリマ－58,3854
非ポリマー4,93740
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
3
A: Sulfate permease family protein
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子

A: Sulfate permease family protein
B: Sulfate permease family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,64584
ポリマ－116,7708
非ポリマー8,87676
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_655-y+3/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_465y-1/2,-x+3/2,z1
Buried area25440 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.850, 90.850, 65.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質 Sulfate permease family protein


分子量: 14596.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_A0077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KN88
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200 mM KI, 20% PEG 3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→65.18 Å / Num. all: 22098 / Num. obs: 22098 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -1000 / Observed criterion σ(I): -1000
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→65.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.965 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23601 1131 5.1 %RANDOM
Rwork0.19629 ---
obs0.19822 20943 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→65.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 34 99 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1191.9892978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49323.8394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.715374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5541516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211646
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 80 -
Rwork0.282 1359 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91580.10470.29661.11350.00550.1018-0.0465-0.05380.0114-0.05250.02670.04930.005-0.01790.01990.10940.00840.02190.0734-0.00960.077140.61770.992419.5473
21.1750.14010.22090.8235-0.2830.1825-0.11140.0307-0.05450.02890.0664-0.10770.0129-0.01940.04490.12660.0130.03550.08380.00150.057950.190270.937350.803
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A423 - 550
2X-RAY DIFFRACTION1A702 - 758
3X-RAY DIFFRACTION2B423 - 550
4X-RAY DIFFRACTION2B701 - 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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