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- PDB-4dg9: Structure of holo-PA1221, an NRPS protein containing adenylation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dg9
タイトルStructure of holo-PA1221, an NRPS protein containing adenylation and PCP domains bound to vinylsulfonamide inhibitor
要素PA1221
キーワードLIGASE/Inhibitor / ANL Superfamily / Adenylation domain / peptidyl carrier protein / Non-ribosomal peptide synthetase / NRPS / pantetheine / vinylsulfonamide / valine adenylation / LIGASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ACP-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...ACP-like / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DG9 / Carrier domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Mitchell, C.A. / Shi, C. / Aldrich, C.C. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure of PA1221, a Nonribosomal Peptide Synthetase Containing Adenylation and Peptidyl Carrier Protein Domains.
著者: Mitchell, C.A. / Shi, C. / Aldrich, C.C. / Gulick, A.M.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年6月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA1221
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6432
ポリマ－67,8571
非ポリマー7861
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.190, 231.180, 122.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PA1221


分子量: 67857.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA1221 / プラスミド: pET15bTEVp21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9I4B7, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの
#2: 化合物 ChemComp-DG9 / 5'-({[(2R,3R)-3-amino-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-{[oxido(oxo)phosphonio]oxy}butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}-4-methylpentyl]sulfonyl}amino)-5'-deoxyadenosine


分子量: 785.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H48N9O12PS2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% Methylether PEG 8000, 50 mM HEPES, 0.18 mM Val-AVS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: SSRL 9-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→55 Å / Num. all: 25006 / Num. obs: 25006 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4DG8

4dg8


解像度: 2.55→53.97 Å / SU ML: 0.84 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1275 5.1 %
Rwork0.182 --
obs0.185 24977 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.68 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0737 Å20 Å2-0 Å2
2--4.3379 Å20 Å2
3----2.2642 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→53.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4314 0 50 117 4481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3566069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0711608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007798
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.65630.35871380.28452604X-RAY DIFFRACTION100
2.6563-2.77720.2841220.25412599X-RAY DIFFRACTION100
2.7772-2.92360.30991410.22862586X-RAY DIFFRACTION100
2.9236-3.10670.2671380.20482620X-RAY DIFFRACTION100
3.1067-3.34660.26051340.18982620X-RAY DIFFRACTION100
3.3466-3.68330.21181490.17422601X-RAY DIFFRACTION100
3.6833-4.21610.20231410.15062634X-RAY DIFFRACTION100
4.2161-5.31110.19281640.13322669X-RAY DIFFRACTION100
5.3111-53.97790.23861480.17972769X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1322-0.01410.02720.0985-0.03080.2176-0.0153-0.0045-0.0496-0.0449-0.022-0.0160.08850.0222-0.03690.06860.01210.00680.0310.01840.03352.1093-53.5518-13.1693
20.12490.1023-0.02190.16110.06070.19550.08480.0477-0.0034-0.1092-0.0277-0.25970.10510.10760.01920.18890.00630.03540.19380.05370.159612.3116-46.6795-19.4583
30.4205-0.0501-0.1270.2722-0.0470.2342-0.0351-0.1080.07630.05490.05180.0363-0.01230.00190.00980.02420.02560.02860.0743-0.0140.0649-8.2286-39.1915-2.672
40.16510.09580.02550.4567-0.05660.06080.0342-0.1980.00270.323-0.067-0.0438-0.0210.0696-0.01130.27370.013-0.04010.3206-0.03390.09454.6609-37.570113.2333
50.42090.0938-0.31380.2587-0.01490.3878-0.0429-0.08850.1723-0.05240.04780.0356-0.16780.06-0.05230.2569-0.0106-0.03160.0767-0.0440.29490.7158-15.7269-8.3642
60.1177-0.11550.06970.34170.26340.5237-0.02050.24910.1702-0.18350.1060.13930.0915-0.04320.39530.2301-0.0208-0.06480.29590.16480.2868-11.6244-18.2808-25.9025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 16:110)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 111:158)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 159:375)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 376:404)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 405:535)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 536:602)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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