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- PDB-4dg7: Low resolution structure of Drosophila Translin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dg7
タイトルLow resolution structure of Drosophila Translin
要素GM27569p
キーワードDNA BINDING PROTEIN / translin-like fold / ssDNA/RNA binding / reductive methylation / dimethylamino-borane / formaldehyde
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding ...negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / behavioral response to starvation / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / RNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / single-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / protein stabilization / protein homodimerization activity / RNA binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin superfamily / Translin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.195 Å
データ登録者Kumar, V. / Gupta, G.D.
引用
ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2012
タイトル: Low-resolution structure of Drosophila translin
著者: Kumar, V. / Gupta, G.D.
#1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Drosophila mutant translin and characterization of translin variants reveal the structural plasticity of translin proteins.
著者: Gupta, G.D. / Makde, R.D. / Rao, B.J. / Kumar, V.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references / Refinement description
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GM27569p
B: GM27569p
C: GM27569p
D: GM27569p
E: GM27569p
F: GM27569p
G: GM27569p
H: GM27569p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,8348
ポリマ－233,8348
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GM27569p
B: GM27569p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4582
ポリマ－58,4582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
3
C: GM27569p
D: GM27569p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4582
ポリマ－58,4582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
4
E: GM27569p
F: GM27569p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4582
ポリマ－58,4582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
5
G: GM27569p
H: GM27569p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4582
ポリマ－58,4582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.05, 131.20, 96.40
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 8:216 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 8:216 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 8:216 )
411CHAIN D AND (RESSEQ 8:216 )
511CHAIN E AND (RESSEQ 8:216 )
611CHAIN F AND (RESSEQ 8:216 )
711CHAIN G AND (RESSEQ 8:216 )
811CHAIN H AND (RESSEQ 8:216 )

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要素

#1: タンパク質
GM27569p / Translin


分子量: 29229.221 Da / 分子数: 8 / 断片: Translin protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG11761, Dmel_CG11761, translin, trsn / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7JVK6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 4000, 100mM bicine (pH 8.5), 200mM sodium formate, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.195→95 Å / Num. all: 16534 / Num. obs: 16416 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 121.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 5.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3AXJ

3axj


解像度: 4.195→48.146 Å / SU ML: 1.37 / 交差検証法: thoughout / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2922 830 5.07 %RANDOM
Rwork0.2375 ---
obs0.2402 16381 99.16 %-
all-16416 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.406 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--33.7059 Å2-0 Å265.1542 Å2
2---44.8075 Å20 Å2
3---78.5134 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.195→48.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13931 0 0 0 13931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27519087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9375309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0832177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042427
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
13C1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
14D1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
15E1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
16F1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
17G1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.067
18H1707X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
4.1952-4.45780.39241320.32182470247096
4.4578-4.80170.30031400.25426172617100
4.8017-5.28440.33641590.223725742574100
5.2844-6.04780.33391440.274626142614100
6.0478-7.61480.29521230.248626202620100
7.6148-48.1490.231320.19742656265699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58160.2648-1.88522.1184-1.43546.05660.24150.0427-0.23420.1012-0.02770.2756-0.29940.0613-0.02031.0791-0.0145-0.22210.8976-0.09851.248334.915133.501919.6115
26.02751.7155-2.45233.063-0.39781.6322-0.0325-0.039-0.4460.0206-0.0723-0.1372-0.44160.0009-0.03611.32990.187-0.06731.22610.02431.189868.192529.9419-0.1691
33.82161.269-2.4894.4031-2.53273.8854-0.19760.0684-0.5171-0.1367-0.07980.04940.0482-0.0510.05381.1371-0.0759-0.08211.0738-0.16841.169939.775267.419224.782
44.96631.795-1.22752.85080.10582.7947-0.2070.4211-0.1331-0.4890.1052-0.1406-0.33980.11520.0921.5238-0.0828-0.21771.2043-0.12260.787161.859363.212-6.9794
56.48021.3084-1.19911.9304-0.66910.8644-0.2869-0.4988-0.6050.3269-0.098-0.7357-0.0061-0.03490.07721.78790.0821-0.17271.65150.12271.09665.984563.097148.143
64.2554-2.1171-2.35713.18590.23793.1680.1547-0.05490.15360.1226-0.4451-0.4030.04030.27030.15331.3981-0.1728-0.06381.3651-0.01211.56786.132875.613416.826
75.0346-3.3266-2.5371.34592.96522.65940.25030.0498-0.2578-0.2831-0.287-0.3572-0.3984-0.226-0.03721.4071-0.1349-0.14771.3418-0.01981.209457.107922.792445.6666
80.95291.1696-1.4831.2889-2.10265.64210.310.1242-0.15430.2369-0.0335-0.0873-0.3476-0.77490.04351.07520.04360.05331.189-0.12111.587488.139436.108728.2721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 7:218)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 8:220)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 7:218)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESSEQ 7:220)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND (RESSEQ 7:222)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F AND (RESSEQ 7:221)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G AND (RESSEQ 7:220)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H AND (RESSEQ 5:221)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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