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- PDB-4dg6: Crystal structure of domains 1 and 2 of LRP6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dg6
タイトルCrystal structure of domains 1 and 2 of LRP6
要素Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / 6-bladed beta propeller / sclerostin receptor / EGF / Wnt / MESD
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation ...Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / kinase inhibitor activity / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cellular response to cholesterol / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / neural crest cell differentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of cell cycle / canonical Wnt signaling pathway / coreceptor activity / Regulation of FZD by ubiquitination / protein localization to plasma membrane / TCF dependent signaling in response to WNT / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Wnt signaling pathway / response to peptide hormone / cell-cell adhesion / endocytosis / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ceska, T.A. / Doyle, C. / Slocombe, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Characterization of the interaction of sclerostin with the LRP family of Wnt co-receptors
著者: Holdsworth, G. / Slocombe, P. / Doyle, C. / Sweeney, B. / Veverka, V. / Le Rich, K. / Franklin, R.J. / Brookings, D. / Turner, J. / Kennedy, J. / Garlish, R. / Shi, J. / Newnham, L. / ...著者: Holdsworth, G. / Slocombe, P. / Doyle, C. / Sweeney, B. / Veverka, V. / Le Rich, K. / Franklin, R.J. / Brookings, D. / Turner, J. / Kennedy, J. / Garlish, R. / Shi, J. / Newnham, L. / McMillan, D. / Muzylak, M. / Carr, M. / Henry, A.J. / Ceska, T. / Robinson, M.K.
履歴
登録2012年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0726
ポリマ－69,6091
非ポリマー1,4635
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.360, 109.360, 130.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 69608.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-635 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Transient expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O75581
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 20% PEG 8000, 20mM ammonium sulfate, pH 5.9, hanging drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→32.72 Å / Num. all: 21004 / Num. obs: 21004 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.88-2.957.50.7081.10.708199.9
2.95-3.037.50.5541.40.554199.2
3.03-3.127.40.4131.90.413199.5
3.12-3.227.50.2922.60.292199.9
3.22-3.327.40.2343.30.234199.3
3.32-3.447.40.1664.60.1661100
3.44-3.577.30.1196.50.119199.6
3.57-3.717.30.0878.70.087199.5
3.71-3.887.30.06112.20.061199.7
3.88-4.077.30.05313.90.053199.8
4.07-4.297.30.04217.30.0421100
4.29-4.557.30.03420.30.034199.9
4.55-4.867.10.03220.03199.6
4.86-5.257.10.02922.80.029199.8
5.25-5.757.20.03122.20.0311100
5.75-6.437.20.02923.10.0291100
6.43-7.437.10.02526.60.0251100
7.43-9.0970.02229.70.0221100
9.09-12.866.60.01736.90.0171100
12.86-32.725.40.01735.70.017191.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å32.09 Å
Translation3.5 Å32.09 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→32.09 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 2009 9.8 %
Rwork0.257 --
obs0.257 20470 99.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 74.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.907 Å2-16.741 Å20 Å2
2---11.907 Å20 Å2
3---23.813 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4898 0 94 13 5005
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.9912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.6952.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMMSI_CNX_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:CARBOHYDRATE.PARAMMSI_CNX_TOPPAR:CARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:WATER_REP.PARAMMSI_CNX_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4MSI_CNX_TOPPAR:ION.PARAMMSI_CNX_TOPPAR:ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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