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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dg3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of R336A mutant of cAMP-dependent protein kinase with unphosphorylated turn motif. | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Steichen, J.M. / Yang, J. / Taylor, S.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Turn motif phosphorylation regulates processing of cAMP-dependent protein kinase 著者: Steichen, J.M. / Yang, J. / Taylor, S.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 42873.742 Da / 分子数: 1 / 変異: R336A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 6-25 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % |
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結晶化![]() | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8-14% MPD, 100 mM Tris, 10 mM DTT. 11-13% methanol added to well before sealing, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→38.34 Å / Num. all: 41726 / Num. obs: 37095 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.517 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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