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万見
- PDB-4dfi: Crystal structure of cell adhesion molecule nectin-2/CD112 mutant FAMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dfi
タイトルCrystal structure of cell adhesion molecule nectin-2/CD112 mutant FAMP
要素Poliovirus receptor-related protein 2
キーワードCELL ADHESION / CD226 / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm mitochondrion organization / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / spermatid nucleus differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of mast cell activation / regulation of viral entry into host cell ...sperm mitochondrion organization / susceptibility to T cell mediated cytotoxicity / coreceptor-mediated virion attachment to host cell / establishment of mitochondrion localization / susceptibility to natural killer cell mediated cytotoxicity / spermatid nucleus differentiation / positive regulation of immunoglobulin mediated immune response / Nectin/Necl trans heterodimerization / positive regulation of mast cell activation / regulation of viral entry into host cell / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / acrosome assembly / cilium organization / zonula adherens / adhesion of symbiont to host / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / fertilization / apical junction complex / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / spermatid development / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cytoskeleton organization / establishment of localization in cell / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / virus receptor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Liu, J. / Qian, X. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Zhang, S. / Zhang, R. / Qi, J. / Gao, G.F. / Yan, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Cell Adhesion Molecule Nectin-2/CD112 and Its Binding to Immune Receptor DNAM-1/CD226
著者: Liu, J. / Qian, X. / Chen, Z. / Xu, X. / Gao, F. / Zhang, S. / Zhang, R. / Qi, J. / Gao, G.F. / Yan, J.
履歴
登録2012年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poliovirus receptor-related protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8531
ポリマ－13,8531
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.272, 45.780, 52.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poliovirus receptor-related protein 2 / Herpes virus entry mediator B / Herpesvirus entry mediator B / HveB / Nectin-2


分子量: 13852.526 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like V-type domain, UNP residues 32-158 / 変異: M59S, P64S, A113S, F115S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PVRL2, HVEB, PRR2 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92692
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9783 Å
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 9858 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 100 / Observed criterion σ(I): 35.419
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DFH

4dfh


解像度: 1.8→34.544 Å / FOM work R set: 0.8275 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 447 4.83 %RANDOM
Rwork0.1974 ---
all0.2368 ---
obs0.1993 9250 91.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.908 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5006 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.1011 Å20 Å2
3----4.3995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 0 124 1070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0671334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.051359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7993-2.05970.28791180.2122256581
2.0597-2.59480.24331710.2051295294
2.5948-34.55050.21921580.1896328698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.2438 Å / Origin y: 2.6187 Å / Origin z: -8.0156 Å
111213212223313233
T0.0882 Å20.0072 Å20.0089 Å2-0.0914 Å20.0004 Å2--0.0868 Å2
L0.5468 °20.0061 °2-0.3384 °2-0.5132 °20.3067 °2--0.713 °2
S0.003 Å °0.019 Å °0.0193 Å °0.0068 Å °-0.0054 Å °0.0265 Å °0.012 Å °-0.0334 Å °-0.009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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