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万見
- PDB-4deq: Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4deq
タイトルStructure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex
要素Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A
キーワードPROTEIN BINDING/CYTOKINE / Coagulation factor domain / heparin binding domain / Angiogenesis / PROTEIN BINDING-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / positive regulation of lymphangiogenesis / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / branchiomotor neuron axon guidance / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / axon extension involved in axon guidance / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / renal artery morphogenesis / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / neurofilament / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial cell chemotaxis / axonogenesis involved in innervation / lung vasculature development / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / motor neuron axon guidance / axonal fasciculation / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
Vascular Endothelial Growth Factor-165, Heparin-binding Domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain ...Vascular Endothelial Growth Factor-165, Heparin-binding Domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Cystine-knot cytokine / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Ribbon / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Neuropilin-1 / Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.649 Å
データ登録者Vander Kooi, C.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Selective Vascular Endothelial Growth Factor-A (VEGF-A) Binding to Neuropilin-1.
著者: Parker, M.W. / Xu, P. / Li, X. / Vander Kooi, C.W.
履歴
登録2012年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A
B: Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4173
ポリマ－49,3222
非ポリマー951
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6611
ポリマ－24,6611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7562
ポリマ－24,6611
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.978, 114.978, 50.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1, Vascular endothelial growth factor A / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 24660.928 Da / 分子数: 2 / 断片: Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R, VEGF, VEGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786, UniProt: P15692
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月21日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.649→20 Å / Num. all: 19687 / Num. obs: 18014 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QQI

2qqi


解像度: 2.649→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 26.465 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26698 916 5.1 %RANDOM
Rwork0.20881 ---
all0.21155 19687 --
obs0.21155 17074 91.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.649→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 5 16 3445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.023510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.9534747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7243.0066043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9065430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43123.522159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14415628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1111530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.649→2.716 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.498 43 -
Rwork0.436 667 -
obs--51.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5847-1.44751.15564.57330.59752.0082-0.08850.16380.5113-0.123-0.1152-0.2578-0.1718-0.01630.20370.1784-0.0433-0.01430.16040.01410.06576.853521.4271-7.9612
26.3675-1.72810.16284.29490.78062.7831-0.1463-0.12690.08110.16560.1371-0.47940.00080.22260.00910.1120.0602-0.04580.0578-0.02780.075229.33144.24086.9105
315.3787.72114.49143.98712.40552.4969-0.36020.8682-0.6862-0.33280.4676-0.4582-0.04870.1717-0.10750.37760.07220.16920.4395-0.05540.415839.245820.4311-5.9145
42.528-3.15914.25884.3236-5.17877.4026-0.07280.0040.2370.2239-0.0937-0.3527-0.1410.00640.16650.32410.05930.02310.28750.06120.34065.288162.5084-11.9045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3A156 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4B156 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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