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- PDB-4dep: Structure of the IL-1b signaling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dep
タイトルStructure of the IL-1b signaling complex
要素
  • Interleukin-1 beta
  • Interleukin-1 receptor accessory protein
  • Interleukin-1 receptor type 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / b-trefoil / immunoglobulin / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / interleukin-1 binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases ...positive regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / interleukin-1, type I, activating receptor activity / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of neutrophil extravasation / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / interleukin-1 binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / smooth muscle adaptation / positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of myosin light chain kinase activity / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cell adhesion molecule production / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / sequestering of triglyceride / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / interleukin-33-mediated signaling pathway / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / response to carbohydrate / regulation of defense response to virus by host / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of fever generation / fever generation / NAD+ nucleosidase activity / Interleukin-1 processing / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / platelet-derived growth factor receptor binding / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of synapse assembly / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / response to ATP / positive regulation of interleukin-4 production / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / ectopic germ cell programmed cell death / regulation of neurogenesis / regulation of presynapse assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Pyroptosis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of lipid catabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / coreceptor activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of glial cell proliferation / JNK cascade / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-2 production / embryo implantation / regulation of insulin secretion / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of protein export from nucleus / secretory granule / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / Interleukin-1 signaling
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues ...Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / TIR domain / Cytokine IL1/FGF / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta / Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor accessory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Thomas, C. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the activating IL-1 receptor signaling complex.
著者: Thomas, C. / Bazan, J.F. / Garcia, K.C.
履歴
登録2012年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 beta
B: Interleukin-1 receptor type 1
C: Interleukin-1 receptor accessory protein
D: Interleukin-1 beta
E: Interleukin-1 receptor type 1
F: Interleukin-1 receptor accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,86320
ポリマ－189,7666
非ポリマー3,09714
水1267
1
A: Interleukin-1 beta
B: Interleukin-1 receptor type 1
C: Interleukin-1 receptor accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,43110
ポリマ－94,8833
非ポリマー1,5487
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area35150 Å2
手法PISA
2
D: Interleukin-1 beta
E: Interleukin-1 receptor type 1
F: Interleukin-1 receptor accessory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,43110
ポリマ－94,8833
非ポリマー1,5487
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area34940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.990, 65.900, 163.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-1 beta / IL-1 beta / Catabolin


分子量: 17807.289 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-1b, IL1B, IL1F2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01584
#2: タンパク質 Interleukin-1 receptor type 1 / IL-1R-1 / IL-1RT-1 / IL-1RT1 / CD121 antigen-like family member A / Interleukin-1 receptor alpha / ...IL-1R-1 / IL-1RT-1 / IL-1RT1 / CD121 antigen-like family member A / Interleukin-1 receptor alpha / IL-1R-alpha / Interleukin-1 receptor type I / p80


分子量: 36967.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-1RI, IL1R, IL1R1, IL1RA, IL1RT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14778
#3: タンパク質 Interleukin-1 receptor accessory protein / IL-1 receptor accessory protein / IL-1RAcP / Interleukin-1 receptor 3 / IL-1R-3 / IL-1R3


分子量: 40107.699 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3orf13, IL-1RAcP, IL1R3, IL1RAP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPH3
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 5000 MME, 100 mM MES pH 6.5, 12% 1-propanol, protein at 12 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→19.7 Å / Num. obs: 41079 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→19.7 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 2055 5 %
Rwork0.21 --
obs0.213 41079 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.56 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11456 0 196 7 11659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01711971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52316284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4624281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17190.37221370.29112591X-RAY DIFFRACTION100
3.1719-3.25080.32581360.26372591X-RAY DIFFRACTION100
3.2508-3.33830.3491360.24262584X-RAY DIFFRACTION100
3.3383-3.43610.32091370.23642598X-RAY DIFFRACTION100
3.4361-3.54640.2691360.22342597X-RAY DIFFRACTION100
3.5464-3.67230.31411390.21782631X-RAY DIFFRACTION100
3.6723-3.81830.32741350.22022573X-RAY DIFFRACTION100
3.8183-3.99080.3271350.2142567X-RAY DIFFRACTION100
3.9908-4.19920.26471400.19272643X-RAY DIFFRACTION100
4.1992-4.45950.21691370.17652612X-RAY DIFFRACTION100
4.4595-4.79920.24231370.16382604X-RAY DIFFRACTION100
4.7992-5.27380.25561380.18132614X-RAY DIFFRACTION100
5.2738-6.01780.25071380.20522632X-RAY DIFFRACTION99
6.0178-7.51130.25481380.22732626X-RAY DIFFRACTION99
7.5113-19.70510.24511360.222561X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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