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万見
- PDB-4ddp: crystal structure of Beclin 1 evolutionarily conserved domain(ECD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ddp
タイトルcrystal structure of Beclin 1 evolutionarily conserved domain(ECD)
要素Beclin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beclin 1 / ECD / autophagy / membrane binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell ...cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of autophagosome assembly / early endosome to late endosome transport / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / response to vitamin E / Macroautophagy / response to iron(II) ion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / RSV-host interactions / autophagosome assembly / amyloid-beta metabolic process / autophagosome maturation / regulation of macroautophagy / neuron development / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to amino acid starvation / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to copper ion / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / trans-Golgi network / circadian rhythm / response to lead ion / autophagy / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to hydrogen peroxide / GTPase binding / protein-containing complex assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to virus / molecular adaptor activity / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / regulation of autophagy / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein 6/Beclin 1 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 ...Autophagy protein 6/Beclin 1 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.547 Å
データ登録者Huang, W.J. / Choi, W.Y. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and biochemical analyses reveal Beclin 1 as a novel membrane binding protein
著者: Huang, W. / Choi, W. / Hu, W. / Mi, N. / Guo, Q. / Ma, M. / Liu, M. / Tian, Y. / Lu, P. / Wang, F.L. / Deng, H. / Liu, L. / Gao, N. / Yu, L. / Shi, Y.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4601
ポリマ－24,4601
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.746, 33.563, 74.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 24459.807 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 241-450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BECN1, GT197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14457
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.3M NaCl, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→50 Å / Num. obs: 26572 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_596)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.547→32.408 Å / FOM work R set: 0.7867 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 1243 5.03 %RANDOM
Rwork0.1755 ---
all0.177 25256 --
obs0.177 24700 90.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.947 Å2 / ksol: 0.436 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.9722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.2043 Å20 Å2-6.5855 Å2
2---9.6744 Å20 Å2
3----9.5299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.547→32.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 0 115 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2742190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.034582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007277
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5466-1.60850.32691240.2951205572
1.6085-1.68170.28971500.252235884
1.6817-1.77040.23241120.2132250588
1.7704-1.88130.25791200.1894262992
1.8813-2.02650.20781430.1788272396
2.0265-2.23040.18161480.1614279797
2.2304-2.5530.20161470.1514282598
2.553-3.21610.2141520.1655284098
3.2161-32.41510.17671470.17272592
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.8198 Å / Origin y: -3.9292 Å / Origin z: 17.324 Å
111213212223313233
T0.2124 Å20.0417 Å20.0034 Å2-0.2068 Å20.0037 Å2--0.1896 Å2
L0.8275 °20.2464 °20.0823 °2-1.8621 °20.056 °2--1.5292 °2
S-0.0182 Å °0.022 Å °-0.0268 Å °-0.0437 Å °-0.0418 Å °-0.0853 Å °0.0665 Å °0.1095 Å °0.0077 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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