PDB-4ddd: Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ddd

タイトル

Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis

要素

Immunogenic protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor, TAXI family / NMT1-like family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Immunogenic protein

機能・相同性情報

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an immunogenic protein from ehrlichia chaffeensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Staker, B.L.

履歴

登録	2012年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ddd.cif.gz	132 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ddd.ent.gz	108.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ddd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ddd_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ddd_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	4ddd_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	4ddd_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/4ddd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/4ddd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ms9-2 2wek-1 1zx5-d 6xrg-d 5hvj-1 5ukf-3 5jgk-2 5o3y-d 2c4k-1 2c4k-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-EhchA.00493.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Immunogenic protein

ヘテロ分子

36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.710, 65.440, 90.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Immunogenic protein 分子量: 36082.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (バクテリア) 株: ARKANSAS / 遺伝子: ECH_0645 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GGH8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: EBS SCREEN JCSG+ H6: 100MM BISTRIS PH 6.5, 17% PEG 10K, 100MM AMMONIUM ACETATE, EHCHA.00493.A.A2 PS01157 AT 18MG/ML; CRYSTAL FOR PHASING WAS SOAKED IN CRYSTALLIZATION BUFFER CONTAINING 1M ...詳細: EBS SCREEN JCSG+ H6: 100MM BISTRIS PH 6.5, 17% PEG 10K, 100MM AMMONIUM ACETATE, EHCHA.00493.A.A2 PS01157 AT 18MG/ML; CRYSTAL FOR PHASING WAS SOAKED IN CRYSTALLIZATION BUFFER CONTAINING 1M IODIDE, PH 8.5., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.45 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: EBS SCREEN JCSG+ H6: 100MM BISTRIS PH 6.5, 17% PEG 10K, 100MM AMMONIUM ACETATE, EHCHA.00493.A.A2 PS01157 AT 18MG/ML; CRYSTAL FOR PHASING WAS SOAKED IN CRYSTALLIZATION BUFFER CONTAINING 1M ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418	1.5418
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007 HF	2		1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU SATURN 944	1	CCD	2011年8月12日	RIGAKU VARIMAX
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2012年1月9日	RIGAKU VARIMAX

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	RIGAKU VARIMAX	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	RIGAKU VARIMAX	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 30172 / Num. obs: 29858 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.94 % / B_iso Wilson estimate: 22.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 21.2

反射シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2168 / R_sym value: 0.309 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→45.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.519 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	1515	5.1 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
all	0.161	30172	-	-
obs	0.161	29858	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2300	0	19	307	2626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.978	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3.002	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.037	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.188	25.051	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.122	15	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.148	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	459

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	92	-
R_work	0.217	1762	-
obs	-	1980	90.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6224	-0.1866	-0.0977	0.7775	-0.2931	0.6092	-0.0208	-0.0595	0.0071	0.0331	0.0269	-0.0238	-0.001	0.0134	-0.0061	0.0261	0.0051	0.0063	0.0118	0.0014	0.0144	7.404	48.694	13.314
2	0.8063	0.2924	-0.0855	1.0154	0.3744	0.922	-0.0072	-0.0152	0.0414	-0.0405	-0.0222	-0.0029	-0.0379	-0.0044	0.0293	0.0429	0.0014	0.008	0.0033	0.003	0.0106	-3.22	71.445	7.839
3	1.5356	-0.6772	-0.0174	0.9471	-0.1785	0.475	0.0174	0.0981	-0.1152	-0.0865	-0.0236	0.0549	0.0116	-0.0062	0.0062	0.027	-0.0061	-0.0052	0.0215	-0.0097	0.0164	4.228	43.529	1.351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	260 - 325

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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