PDB-4dcl: Computationally Designed Self-assembling tetrahedron protein, T30...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dcl

タイトル

Computationally Designed Self-assembling tetrahedron protein, T308, Crystallized in space group F23

要素

Putative acetyltransferase SACOL2570

キーワード

TRANSFERASE / self assembling tetrahedron design

機能・相同性

機能・相同性情報

galactoside O-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / King, N.P. / Sheffler, W. / Baker, D. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Computational design of self-assembling protein nanomaterials with atomic level accuracy.
著者: Neil P King / William Sheffler / Michael R Sawaya / Breanna S Vollmar / John P Sumida / Ingemar André / Tamir Gonen / Todd O Yeates / David Baker /

要旨: We describe a general computational method for designing proteins that self-assemble to a desired symmetric architecture. Protein building blocks are docked together symmetrically to identify ...

履歴

登録	2012年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dcl.cif.gz	90.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dcl.ent.gz	69.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dcl_validation.pdf.gz	418.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dcl_full_validation.pdf.gz	418.2 KB	表示
XML形式データ	4dcl_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	4dcl_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5438C 3vcdC 4ddfC 4eggC 3v4eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4egg-1 6dna-d 21186 6q93-d 1nx9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (9) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (7) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative acetyltransferase SACOL2570

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative acetyltransferase SACOL2570

x 12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
276 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.690, 153.690, 153.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

#1: タンパク質	Putative acetyltransferase SACOL2570 分子量: 22990.973 Da / 分子数: 1 / 変異: Y20T, A26L, D30V, E34A, R39N, N44L, E48V, Q52A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SACOL2570 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5HCZ5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative acetyltransferase SACOL2570

分子量: 22990.973 Da / 分子数: 1 / 変異: Y20T, A26L, D30V, E34A, R39N, N44L, E48V, Q52A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SACOL2570 / プラスミド: pET29b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5HCZ5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.0 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 35% GLYCEROL AS CRYOPROTECTANT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日

放射

モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→18.8 Å / Num. all: 4298 / Num. obs: 4298 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 81.567 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 24.14

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
3.35-3.44	0.531	4.39	1982	325	1	98.8
3.44-3.53	0.539	4.27	2153	306	1	97.5
3.53-3.63	0.355	6.11	1865	281	1	92.1
3.63-3.75	0.173	11.53	1522	272	1	89.8
3.75-3.87	0.181	10.71	1570	272	1	93.8
3.87-4	0.125	15.3	1592	259	1	89.9
4-4.16	0.078	19.31	1905	260	1	100
4.16-4.33	0.057	26.21	1800	249	1	99.6
4.33-4.52	0.051	28.19	1909	263	1	100
4.52-4.74	0.045	30.72	1720	235	1	100
4.74-4.99	0.041	34.92	1670	231	1	100
4.99-5.3	0.046	31.03	1530	214	1	100
5.3-5.66	0.049	30.46	1492	209	1	100
5.66-6.12	0.046	33	1358	192	1	100
6.12-6.7	0.039	36.11	1166	172	1	99.4
6.7-7.49	0.03	48.1	1107	156	1	100
7.49-8.65	0.03	52.93	1023	147	1	100
8.65-10.6	0.029	57.11	903	128	1	100
10.6-14.98	0.028	55.38	559	94	1	97.9
14.98-18.8	0.03	52.88	161	31	1	49.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.8 Å	19.24 Å
Translation	3.8 Å	19.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3V4E

3v4e

解像度: 3.35→18.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9388 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9093 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2398	215	5 %	RANDOM
R_work	0.2311	-	-	-
all	0.2316	-	-	-
obs	0.2316	4298	97.26 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 221.56 Å² / B_iso mean: 135.4875 Å² / B_iso min: 38.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.44 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→18.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1456	0	0	1	1457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	497	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	38	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	217	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1493	HARMONIC	50
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	199	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1708	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1493	HARMONIC	2	0.011
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2031	HARMONIC	2	1.13
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.96
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.78

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.75 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3619	59	5 %
R_work	0.3453	1121	-
all	0.3461	1180	-
obs	-	-	97.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.7287 Å / Origin y: 30.6017 Å / Origin z: -11.4101 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6079 Å²	0.1392 Å²	0.1537 Å²	-	-0.452 Å²	0.304 Å²	-	-	-0.2215 Å²
L	6.5215 °²	1.5491 °²	-1.774 °²	-	9.3878 °²	-1.2781 °²	-	-	2.3466 °²
S	0.1031 Å °	0.7629 Å °	1.0885 Å °	0.447 Å °	-0.0239 Å °	-0.8558 Å °	-1.0885 Å °	-0.6952 Å °	-0.0792 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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