PDB-4dci: Crystal structure of unknown funciton protein from Synechococcus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dci

タイトル

Crystal structure of unknown funciton protein from Synechococcus sp. WH 8102

要素

uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-biology / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

Helix Hairpins - #1110 / YlqD protein / YlqD protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Synechococcus sp. WH 8102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Chang, C. / Marshall, N. / Bearden, J. / Palenik, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of unknown function protein from Synechococcus sp. WH 8102
著者: Chang, C. / Marshall, N. / Bearden, J. / Palenik, B. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4dci.ent.gz	409.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dci_validation.pdf.gz	485 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dci_full_validation.pdf.gz	498.2 KB	表示
XML形式データ	4dci_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	4dci_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/4dci	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4lgd-6 4lgd-5 2xgm-d 3cpl-d 1bz9-2 4huw-1 4huv-d 4m7a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102110

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

C: uncharacterized protein

D: uncharacterized protein

E: uncharacterized protein

F: uncharacterized protein

G: uncharacterized protein

H: uncharacterized protein

ヘテロ分子

136 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

C: uncharacterized protein

D: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: uncharacterized protein

F: uncharacterized protein

G: uncharacterized protein

H: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.272, 164.522, 105.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.800, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 16941.410 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. WH 8102 (バクテリア) 株: WH8102 / 遺伝子: SYNW0670 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q7U8F0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.22 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 1.8M Magnesium sulfate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→91.75 Å / Num. all: 45064 / Num. obs: 44991 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.82→91.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 32.045 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.337
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25154	2272	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17693	-	-	-
obs	0.18063	42712	98.77 %	-
all	-	44984	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.42 Å²	0 Å²	3.91 Å²
2-	-	-5.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→91.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9179	0	10	57	9246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.012	1.961	12447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.35	5	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.364	26.719	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.114	15	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.716	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	6932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.25	3	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	31.297	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	20.46	5	9214

LS精密化シェル

解像度: 2.817→2.89 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	141	-
R_work	0.293	2712	-
obs	-	-	87.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7402	0.2668	-0.8625	2.6342	-2.0213	2.1737	-0.0099	0.0721	-0.1406	0.2802	-0.1101	-0.0471	-0.1957	0.0295	0.12	0.2108	-0.0162	-0.0524	0.2232	-0.0721	0.1643	-20.0358	120.9109	-1.5911
2	15.4529	-20.809	-3.0711	28.2477	4.0481	0.6465	-0.1678	0.071	-0.6154	0.143	0.0658	0.8843	0.0888	-0.0663	0.1019	0.2487	0.004	-0.0894	0.2539	-0.0483	0.156	-20.4153	143.1852	-18.4263
3	5.1341	-2.2565	2.0943	19.6025	-1.8872	1.3135	0.2921	0.3891	-0.0472	-0.8153	-0.0497	0.6755	-0.0812	0.2776	-0.2424	0.1888	-0.0404	0.079	0.2305	-0.0032	0.1348	-33.93	169.4357	-14.8874
4	12.3818	-14.2187	2.5442	22.4756	-0.5977	1.4092	-0.5107	-0.9123	-0.6204	0.8543	0.8771	0.234	-0.0012	-0.2281	-0.3664	0.2795	-0.0664	0.1051	0.1619	-0.0186	0.2487	-28.6272	171.6309	-7.1231
5	8.7468	-11.914	-5.5025	18.739	6.7842	3.6639	-0.2673	-0.4015	0.3746	0.5652	0.4115	-0.8655	0.0998	0.2905	-0.1441	0.2019	-0.0573	-0.1018	0.1524	-0.0119	0.248	-13.1399	146.2241	-12.3692
6	1.0761	-0.0734	-1.98	1.1192	-0.5341	4.0461	-0.0524	-0.1038	-0.0496	0.06	-0.0355	-0.0031	0.0703	0.2305	0.0879	0.1425	0.0292	-0.008	0.2455	-0.0136	0.224	-15.9716	121.0912	-2.7159
7	6.6336	-2.271	2.9531	0.8225	-0.9677	1.6334	-0.0526	0.2642	-0.1258	0.0349	-0.0621	0.1253	0.0693	0.1417	0.1147	0.1735	0.0122	-0.0039	0.2056	0.0016	0.2172	-35.2322	118.3042	-13.7867
8	3.959	9.7716	4.9442	52.5247	14.5868	6.3814	0.3636	-0.2053	-0.0625	1.3165	-0.3586	0.3539	0.4736	-0.2616	-0.005	0.0951	-0.0017	-0.0071	0.2266	0.0348	0.1771	-54.0251	138.1156	-17.7812
9	14.2368	5.0392	5.7949	26.0787	11.1212	5.9276	-2.2088	-0.6982	0.2859	1.4589	1.0386	3.7376	0.0805	0.3868	1.1702	0.7083	0.2083	0.1554	0.3983	-0.0203	0.8217	-50.2595	165.6572	-6.0105
10	4.9683	9.0179	4.3352	19.7346	11.7575	8.2831	0.3456	-0.5297	-0.0443	0.5147	-0.5198	0.1194	0.1895	0.0426	0.1742	0.1037	-0.0979	0.0329	0.2667	-0.0649	0.1982	-41.5606	166.0761	-9.0301
11	5.3206	9.2547	8.0805	32.8693	17.6665	15.1434	-0.0816	0.3353	-0.2074	-0.7181	0.841	-0.9596	-0.2702	0.7352	-0.7594	0.0518	-0.0232	-0.0031	0.1751	0.0175	0.1948	-46.659	139.9346	-23.7062
12	0.3669	0.1154	0.0271	0.7198	0.1776	0.05	-0.0222	0.108	-0.0618	0.1378	-0.021	0.1516	0.057	0.0218	0.0432	0.1872	-0.0066	0.0051	0.2955	0.0092	0.1944	-40.1473	117.8879	-10.5569
13	5.2685	14.2421	-0.7476	45.2071	-2.0609	0.1104	0.4517	0.211	-0.2588	3.0022	-0.4705	-0.3904	-0.102	-0.052	0.0188	0.6697	-0.0728	0.1118	0.3606	-0.0009	0.0439	-52.8239	140.414	19.7669
14	9.9626	14.1511	-1.1614	33.8361	-3.748	3.2092	0.4483	0.0232	-0.5119	1.1183	-0.3787	-0.4765	-0.139	0.3798	-0.0696	0.1102	-0.0524	-0.0556	0.1888	0.01	0.0583	-42.3689	167.7081	16.0444
15	6.1234	12.8435	-5.6046	30.1947	-11.7127	5.4138	-0.2609	-0.0185	-0.4123	-0.6523	-0.0172	-0.4636	0.0467	0.3378	0.2781	0.2151	-0.2052	0.0397	0.3782	-0.0971	0.1276	-43.9397	167.2916	6.4989
16	9.9005	10.2152	-3.9108	24.2231	-3.0634	1.6177	-0.6223	0.8589	-0.4653	-0.4769	0.3785	0.3974	0.2352	-0.3654	0.2438	0.2506	-0.0305	0.1172	0.2303	-0.0354	0.1735	-58.2489	141.1858	11.5602
17	1.601	0.272	-2.5781	0.1562	-0.4355	4.2343	0.0536	0.1459	0.0252	0.0752	-0.0519	0.1753	0.03	-0.1849	-0.0017	0.2129	-0.0322	0.1241	0.2191	-0.0589	0.2952	-51.1824	117.7002	2.792
18	3.5846	2.9666	3.5066	3.2924	2.5152	3.7318	-0.1283	-0.0585	-0.0848	0.2025	-0.0269	-0.2148	-0.1474	-0.1174	0.1552	0.2794	0.0108	0.1322	0.1746	-0.0244	0.2766	-31.6123	120.1529	14.0161
19	1.2561	-5.5944	1.7643	25.4583	-7.924	6.0756	0.1945	0.1187	0.1409	-1.2361	-0.3041	-0.6499	0.2896	0.173	0.1096	0.2791	-0.1247	-0.0366	0.1358	-0.0126	0.2299	-15.1973	144.7333	19.2014
20	6.6595	-9.3191	0.703	47.1681	-13.2937	4.5181	0.6808	0.5709	0.6266	-0.9901	-1.1965	-2.132	0.1168	0.2273	0.5157	0.3119	0.1529	-0.0488	0.1795	-0.0136	0.1744	-19.8459	173.1726	10.6771
21	1.1169	1.0484	-1.4486	7.2046	1.0521	2.8852	-0.1234	0.5296	0.1227	-0.9341	0.286	0.3571	-0.0432	-0.8039	-0.1626	0.282	-0.0372	-0.2136	0.3207	0.0425	0.3026	-28.4654	172.6249	13.5521
22	1.3413	-6.7122	2.1992	33.9119	-10.5277	5.5195	-0.1323	-0.2568	-0.2296	0.473	1.0548	1.151	-0.0117	-0.7847	-0.9226	0.2554	0.002	-0.0767	0.2908	-0.0068	0.3266	-22.9612	145.3344	25.1117
23	5.0119	0.8399	3.0041	1.6874	-0.0203	1.9851	0.0883	-0.1382	-0.115	0.2985	-0.0526	-0.0929	-0.0477	-0.1059	-0.0356	0.2687	0.0214	0.0851	0.1859	0.0013	0.0949	-30.8549	119.7815	17.7481
24	2.95	0.4773	4.2498	1.8042	1.7589	6.8114	0.04	0.0387	0.1145	-0.0824	-0.2192	0.0124	0.0428	-0.014	0.1792	0.1264	0.0296	0.0474	0.3263	0.0419	0.1083	-10.3709	188.7249	41.5918
25	11.8019	-21.0758	3.3585	51.55	-5.9661	2.0221	0.0636	-0.3147	0.2728	-2.1036	0.1166	-1.1917	-0.0201	-0.1105	-0.1802	0.2924	0.024	0.1176	0.2068	-0.0156	0.1089	-14.7261	168.2581	21.8184
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28	8.3249	-13.118	2.425	33.303	-3.5319	0.7159	-0.4271	-0.7776	-0.0836	1.3528	0.4397	0.4043	-0.0991	-0.265	-0.0126	0.2143	-0.067	-0.0352	0.2634	-0.0481	0.0583	-20.7166	166.2894	29.1329
29	1.3381	-0.3862	2.1762	0.4904	0.1238	5.0523	0.029	-0.0543	-0.1053	-0.0767	-0.0411	0.1085	-0.0868	-0.1452	0.0121	0.1919	0.034	-0.0117	0.206	-0.0039	0.1729	-14.2672	188.8043	40.6236
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34	2.4291	7.047	-2.7737	25.2497	-7.7169	3.2058	0.0882	0.0628	0.2655	-0.4806	0.2075	1.0814	-0.1131	-0.1053	-0.2957	0.1941	-0.0583	-0.0181	0.2494	-0.006	0.241	16.4622	167.5414	17.1033
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37	7.4041	14.0685	4.0574	38.1879	9.1756	2.5354	-0.3081	-0.1619	0.2053	1.1221	0.3102	1.3349	0.0978	0.0439	-0.0021	0.2965	0.0513	0.0528	0.2195	-0.0332	0.4615	22.4184	161.7311	61.2109
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41	1.4701	-0.7229	2.687	0.6539	-1.3333	4.9399	-0.089	0.1218	0.0559	0.0393	-0.0191	-0.3139	-0.1419	0.1617	0.1081	0.123	-0.0034	-0.0076	0.1696	-0.0533	0.3213	21.0719	187.0358	46.3902
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45	1.2071	-1.7344	-1.3115	15.7023	10.4813	7.1637	-0.0698	-0.233	-0.1695	-1.3765	0.6076	-0.6692	-0.7734	0.4558	-0.5377	0.4773	-0.0154	0.23	0.0562	-0.0249	0.4119	-3.8854	136.2466	50.6515
46	2.4002	-4.1432	-3.9967	24.9337	9.4213	7.0213	-0.1737	-0.752	0.2446	-0.1035	0.7917	-1.6548	0.1947	1.1569	-0.618	0.1361	0.1421	0.0386	0.3237	0.0299	0.2582	-8.9633	161.9906	66.1422
47	3.8418	-0.0884	-2.2548	1.105	0.3467	1.4068	-0.0909	-0.2507	-0.0259	0.1879	0.095	-0.1266	0.0754	0.1552	-0.0041	0.2551	0.1148	-0.058	0.2293	-0.0266	0.1149	0.8228	186.3165	61.1861

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	44 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	63 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	84 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 43
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	44 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	63 - 83
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	84 - 103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	104 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	12	C	2 - 23
14	X-RAY DIFFRACTION	13	C	24 - 43
15	X-RAY DIFFRACTION	14	C	44 - 62
16	X-RAY DIFFRACTION	15	C	63 - 83
17	X-RAY DIFFRACTION	16	C	84 - 103
18	X-RAY DIFFRACTION	17	C	104 - 144
19	X-RAY DIFFRACTION	18	D	2 - 23
20	X-RAY DIFFRACTION	19	D	24 - 43
21	X-RAY DIFFRACTION	20	D	44 - 62
22	X-RAY DIFFRACTION	21	D	63 - 83
23	X-RAY DIFFRACTION	22	D	84 - 103
24	X-RAY DIFFRACTION	23	D	104 - 144
25	X-RAY DIFFRACTION	24	E	2 - 23
26	X-RAY DIFFRACTION	25	E	24 - 43
27	X-RAY DIFFRACTION	26	E	44 - 62
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31	X-RAY DIFFRACTION	30	F	2 - 23
32	X-RAY DIFFRACTION	31	F	24 - 43
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48	X-RAY DIFFRACTION	47	H	104 - 144

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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