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- PDB-4dce: Crystal structure of human anaplastic lymphoma kinase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dce
タイトルCrystal structure of human anaplastic lymphoma kinase in complex with a piperidine-carboxamide inhibitor
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードTransferase/Inhibitor / receptor tyrosine kinase / inhibitor / NPM-ALK / EML4-ALK / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / phosphorylation / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Signaling by ALK / response to stress / adult behavior / energy homeostasis / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / hippocampus development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heparin binding / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / receptor complex / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JF / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Epstein, L.F. / Chen, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rapid development of piperidine carboxamides as potent and selective anaplastic lymphoma kinase inhibitors.
著者: Bryan, M.C. / Whittington, D.A. / Doherty, E.M. / Falsey, J.R. / Cheng, A.C. / Emkey, R. / Brake, R.L. / Lewis, R.T.
履歴
登録2012年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor
B: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1194
ポリマ－75,1362
非ポリマー9832
水5,170287
1
A: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0602
ポリマ－37,5681
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0602
ポリマ－37,5681
非ポリマー4921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.612, 104.819, 57.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 37568.133 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain, unp residues 1078-1410 / 変異: C1097S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0JF / (3S)-N-(4-methylbenzyl)-1-{2-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]pyrimidin-4-yl}piperidine-3-carboxamide / (3S)-N-(4-メチルベンジル)-1-[2-(3,4,5-トリメトキシフェニルアミノ)ピリミジン-4-イル]ピペリ(以下略)


分子量: 491.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27% PEG 5000 MME, 100 mM MES, 200 mM ammonium sulfate, 5 mM dithiothreitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 39890 / Num. obs: 39292 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.213 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.03-2.120.4935911.204190.3
2.1-2.192.20.38938721.223198.2
2.19-2.292.20.27939911.202199.7
2.29-2.412.30.20339621.266199.9
2.41-2.562.30.15639781.2781100
2.56-2.762.30.10440001.2731100
2.76-3.032.30.06939641.227199.8
3.03-3.472.40.03839521.17199.7
3.47-4.372.40.02840031.102199.4
4.37-502.30.01939791.184198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation4 Å1000 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo ALK (unpublished)

解像度: 2.03→38.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.2602 / WRfactor Rwork: 0.2086 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8166 / SU B: 5.13 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2259 / SU Rfree: 0.1919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1972 5 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2107 39180 98.61 %-
all-39732 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.61 Å2 / Biso mean: 34.4147 Å2 / Biso min: 16.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å2-0.24 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→38.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4499 0 72 287 4858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.9936353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2365564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.24223.99203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16415781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.241530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.79922951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34234639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31531992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.19761714
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 154 -
Rwork0.271 2476 -
all-2630 -
obs--89.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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