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万見
- PDB-4dca: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dca
タイトルCrystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, ADP-bound
要素Aminoglycoside phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / EUKARYOTIC PROTEIN KINASE-LIKE FOLD / AMINOGLYCOSIDE PHOSPHOTRANSFERASE / KINASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDES / INTRACELLULAR
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Aminoglycoside phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Minasov, G. / Singer, A.U. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-Ib, ADP-bound
著者: Stogios, P.J. / Minasov, G. / Singer, A.U. / Tan, K. / Nocek, B. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月1日ID: 3R70
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6073
ポリマ－38,1551
非ポリマー4522
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.938, 88.465, 62.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-705-

HOH

21A-830-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside phosphotransferase


分子量: 38155.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aph(2')-Ib / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93ET9
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MG CHLORIDE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 25% PEG3350, 2.5 MM ATP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 33721 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 36.09
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Rsym value: 0.694 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.381 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 1607 5.01 %random
Rwork0.1954 ---
obs0.1969 32074 94.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.76 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5802 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.5672 Å20 Å2
3----9.0155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 28 346 2840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1473505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.924997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86490.33311460.28592596X-RAY DIFFRACTION82
1.8649-1.93960.29361380.25012789X-RAY DIFFRACTION88
1.9396-2.02790.26911580.22182909X-RAY DIFFRACTION91
2.0279-2.13470.2521550.213050X-RAY DIFFRACTION96
2.1347-2.26840.22571630.19813095X-RAY DIFFRACTION97
2.2684-2.44350.24311610.20173148X-RAY DIFFRACTION98
2.4435-2.68930.26771720.19783180X-RAY DIFFRACTION99
2.6893-3.0780.23621690.19493222X-RAY DIFFRACTION100
3.078-3.87660.21131690.17453256X-RAY DIFFRACTION100
3.8766-29.38520.18941760.19193222X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.05960.1121-2.45323.93540.56133.2242-0.1391-0.3011-0.42240.1212-0.068-0.36430.52030.35920.19090.4370.0707-0.08990.3641-0.00980.2828.544111.070712.5758
20.6519-0.15880.33881.6251-0.52992.40390.0904-0.10820.03260.0539-0.11130.0680.1859-0.1190.01040.2571-0.03210.02220.262-0.03580.2762.833321.060536.2384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 4:91A - a4 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 92:299A - a92 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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