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万見
- PDB-4dbs: Crystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dbs
タイトルCrystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 (AKR1C3) in complex with NADP+ and 3'-[(4-nitronaphthalen-1-yl)amino]benzoic acid
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / castrate resistant prostate cancer / AKR1C3 selective inhibitor / TIM Barrel / steroid metabolism / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / prostanoid biosynthetic process / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / regulation of testosterone biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone biosynthetic process / cellular response to prostaglandin D stimulus / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / progesterone metabolic process / retinal metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / : / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / bile acid binding / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / response to nutrient / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / male gonad development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[(4-nitronaphthalen-1-yl)amino]benzoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.852 Å
データ登録者Chen, M. / Christianson, D.W. / Winkler, J.D. / Penning, T.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of AKR1C3 containing an N-(aryl)amino-benzoate inhibitor and a bifunctional AKR1C3 inhibitor and androgen receptor antagonist. Therapeutic leads for castrate resistant prostate cancer.
著者: Chen, M. / Adeniji, A.O. / Twenter, B.M. / Winkler, J.D. / Christianson, D.W. / Penning, T.M.
履歴
登録2012年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Other / Structure summary
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32012年5月23日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5128
ポリマ－73,7922
非ポリマー2,7206
水7,963442
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2564
ポリマ－36,8961
非ポリマー1,3603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2564
ポリマ－36,8961
非ポリマー1,3603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.165, 48.999, 83.560
Angle α, β, γ (deg.)74.420, 87.370, 70.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Indanol dehydrogenase / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5 / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase


分子量: 36896.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / プラスミド: PET16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P42330, EC: 1.1.1.213, indanol dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, EC: 1.1.1.63, testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+), trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-0HV / 3-[(4-nitronaphthalen-1-yl)amino]benzoic acid


分子量: 308.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細H5Q IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG8000, 0.14 M sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月15日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 57478 / Num. obs: 56673 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.9230.38452060.907190.3
1.92-1.993.20.32255711.026197.3
1.99-2.083.20.27656971.066199.1
2.08-2.193.40.22357541.058199.7
2.19-2.333.50.19357481.034199.8
2.33-2.513.80.16557401.058199.9
2.51-2.763.80.12557421.023199.9
2.76-3.163.90.09457051.0021100
3.16-3.993.90.06757701.0151100
3.99-503.90.0557400.971199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S2A

1s2a


解像度: 1.852→40.195 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.7941 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2224 2676 5.04 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.201 56671 --
obs0.1831 53065 91.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.532 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 78.34 Å2 / Biso mean: 33.4577 Å2 / Biso min: 18.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.2459 Å2-2.6113 Å2-12.7146 Å2
2---8.622 Å20.1791 Å2
3----10.6239 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.852→40.195 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5078 0 188 442 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9767444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8882122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.852-1.88530.29271200.23992003212369
1.8853-1.92150.32571150.24562287240280
1.9215-1.96080.34081150.23962449256483
1.9608-2.00340.2761210.2242406252785
2.0034-2.050.27641410.22262542268387
2.05-2.10120.29411420.20362518266090
2.1012-2.15810.26091370.19612615275290
2.1581-2.22160.24961610.19792665282692
2.2216-2.29330.31051480.19132646279493
2.2933-2.37520.24551290.18372731286095
2.3752-2.47030.23521530.18932751290496
2.4703-2.58270.20641470.19182780292796
2.5827-2.71880.23591300.18622808293897
2.7188-2.88910.20931350.18872849298498
2.8891-3.11210.22981680.19452836300499
3.1121-3.42520.2281630.188828663029100
3.4252-3.92040.21411430.170229063049100
3.9204-4.93790.17041510.141228693020100
4.9379-40.20430.15931570.143828623019100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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