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- PDB-4dba: Designed Armadillo repeat protein (YIIM3AII) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dba
タイトルDesigned Armadillo repeat protein (YIIM3AII)
要素Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
キーワードDE NOVO PROTEIN / Solenoid repeat / Armadillo repeat motif
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Madhurantakam, C. / Varadamsetty, G. / Grutter, M.G. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structure-based optimization of designed Armadillo-repeat proteins.
著者: Madhurantakam, C. / Varadamsetty, G. / Grutter, M.G. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22012年9月5日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
B: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
C: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
D: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9739
ポリマ－90,5124
非ポリマー4605
水1,26170
1
A: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
B: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5325
ポリマ－45,2562
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
2
C: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
D: Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4404
ポリマ－45,2562
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.151, 60.603, 61.862
Angle α, β, γ (deg.)74.82, 89.55, 75.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Designed Armadillo repeat protein, YIIM3AII


分子量: 22628.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 Blue
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.05 M succinic acid, pH 4.0, 20% PEG 4000, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月11日 / 詳細: Helios optical system
放射モノクロメーター: Helios multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.56 Å / Num. obs: 26658 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→25.288 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.56 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3014 1353 5.08 %random
Rwork0.2336 ---
obs0.237 26658 89.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.335 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6767 Å2-1.1135 Å2-3.136 Å2
2---6.3638 Å2-8.8511 Å2
3---10.0405 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5876 0 30 70 5976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2038074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9862227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073953
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.4341240.35332355X-RAY DIFFRACTION83
2.4858-2.58520.41791240.34252409X-RAY DIFFRACTION86
2.5852-2.70270.41971290.33532424X-RAY DIFFRACTION85
2.7027-2.8450.42391280.32112407X-RAY DIFFRACTION86
2.845-3.0230.39281180.29692441X-RAY DIFFRACTION86
3.023-3.2560.35511560.2812584X-RAY DIFFRACTION91
3.256-3.58280.33771410.27712642X-RAY DIFFRACTION94
3.5828-4.09940.31171280.21882661X-RAY DIFFRACTION94
4.0994-5.15760.29291580.19662674X-RAY DIFFRACTION95
5.1576-25.28970.20481470.18032708X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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