PDB-4dad: Crystal structure of a Putative pilus assembly-related protein (B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dad

タイトル

Crystal structure of a Putative pilus assembly-related protein (BPSS2195) from Burkholderia pseudomallei K96243 at 2.50 A resolution (PSI Community Target, Shapiro L.)

要素

Putative pilus assembly-related protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / Response regulator receiver domain / CheY-related protein / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell division / phosphorelay signal transduction system / cytoplasmic side of plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Putative pilus assembly-related protein (BPSS2195) from Burkholderia pseudomallei K96243 at 2.50 A resolution (PSI Community Target, Shapiro L.)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2012年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Data collection
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2013年4月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dad.cif.gz	66 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dad.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dad_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dad_full_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示
XML形式データ	4dad_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	4dad_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/4dad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/4dad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6w65-3 4k2j-4 1xkt-1 4k2j-2 4k2j-6 1boi-d 4b0c-2 336 6ta7-3 6yrc-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: 423113

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative pilus assembly-related protein

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative pilus assembly-related protein

ヘテロ分子

A: Putative pilus assembly-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.589, 65.589, 65.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

CRYSTAL PACKING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative pilus assembly-related protein 分子量: 16238.903 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-127 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BPSS2195 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q63I75
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY RESIDUES 1-127 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.00M (NH4)2SO4, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97947,0.91837,0.97894

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月8日
詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING); SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)

放射

モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97947	1
2	0.91837	1
3	0.97894	1

反射

解像度: 2.5→42.953 Å / Num. obs: 5865 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.77 % / B_iso Wilson estimate: 61.811 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.5-2.59	4.83	0.643	2.56	2700	559	97.4
2.59-2.69		0.472	3.4	2769	548	99.6
2.69-2.81		0.379	4.2	2958	587	99.2
2.81-2.96		0.241	6.4	2790	557	98.8
2.96-3.15		0.152	9.5	2891	614	99
3.15-3.39		0.092	15	2540	559	99.3
3.39-3.73		0.058	21.9	2988	596	99.5
3.73-4.26		0.042	28	2826	587	98.8
4.26-5.35		0.036	32.4	2592	591	98
5.35-42.953		0.032	34.8	2851	658	97.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
XSCALE	December 29, 2011	データスケーリング
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.953 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9426 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8994 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2546	267	4.57 %	RANDOM
R_work	0.1908	-	-	-
obs	0.1936	5847	98.75 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.49 Å² / B_iso mean: 62.3187 Å² / B_iso min: 30.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.8932 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.8932 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.7865 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.358 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1011	0	17	44	1072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	504	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	27	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	158	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1049	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	142	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1149	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1049	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1427	HARMONIC	2	1.07
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.87
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				3

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2947	85	5.29 %
R_work	0.2145	1522	-
all	0.2187	1607	-
obs	-	-	98.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.5045 Å / Origin y: 43.1199 Å / Origin z: 3.2493 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0563 Å²	-0.0084 Å²	-0.0131 Å²	-	-0.1731 Å²	0.0446 Å²	-	-	-0.0779 Å²
L	4.7251 °²	-2.1691 °²	-1.9079 °²	-	2.6563 °²	2.0738 °²	-	-	3.0294 °²
S	0.0067 Å °	-0.0833 Å °	0.4477 Å °	-0.105 Å °	0.0941 Å °	-0.3756 Å °	-0.1712 Å °	0.1661 Å °	-0.1008 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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