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万見
- PDB-4da9: Crystal structure of putative Short-chain dehydrogenase/reductase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4da9
タイトルCrystal structure of putative Short-chain dehydrogenase/reductase from Sinorhizobium meliloti 1021
要素Short-chain dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / dehydrogenase/reductase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short-chain dehydrogenase/reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative Short-chain dehydrogenase/reductase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Other
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase
B: Short-chain dehydrogenase/reductase
C: Short-chain dehydrogenase/reductase
D: Short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9398
ポリマ－118,5544
非ポリマー3844
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area36270 Å2
手法PISA
2
A: Short-chain dehydrogenase/reductase
D: Short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4694
ポリマ－59,2772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
3
A: Short-chain dehydrogenase/reductase
C: Short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4694
ポリマ－59,2772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
4
B: Short-chain dehydrogenase/reductase
C: Short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4694
ポリマ－59,2772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
5
B: Short-chain dehydrogenase/reductase
D: Short-chain dehydrogenase/reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4694
ポリマ－59,2772
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.333, 126.589, 127.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Short-chain dehydrogenase/reductase


分子量: 29638.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R03296, SMc04391 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL
参照: UniProt: Q92L02, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 22% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.2 % / Av σ(I) over netI: 21.81 / 数: 322959 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.38 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 77562 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.78509910.0332.4474.3
5.386.7810010.0471.7944.2
4.75.3810010.0481.8254.1
4.274.710010.0562.2784.2
3.974.2799.910.0682.1854.2
3.733.9710010.0791.9594.2
3.553.7310010.0911.5994.2
3.393.5510010.1111.4264.2
3.263.3910010.1441.274.2
3.153.2610010.1831.1674.2
3.053.1510010.2381.0844.2
2.963.0510010.3081.0514.2
2.892.9610010.4031.0074.2
2.822.8910010.4720.964.1
2.752.8210010.6380.944.1
2.692.7510010.750.9294.1
2.642.6910010.8940.914.1
2.592.6410010.9044.1
2.542.5910010.914.1
2.52.5410010.8934.1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 77562 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.382 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.5-2.544.139030.8931100
2.54-2.594.138340.911100
2.59-2.644.139270.9041100
2.64-2.694.138800.9111000.894
2.69-2.754.138540.92911000.75
2.75-2.824.138880.9411000.638
2.82-2.894.138550.9611000.472
2.89-2.964.239001.00711000.403
2.96-3.054.238581.05111000.308
3.05-3.154.239031.08411000.238
3.15-3.264.238881.16711000.183
3.26-3.394.238731.2711000.144
3.39-3.554.238701.42611000.111
3.55-3.734.238921.59911000.091
3.73-3.974.238771.95911000.079
3.97-4.274.238482.185199.90.068
4.27-4.74.239022.27811000.056
4.7-5.384.138801.82511000.048
5.38-6.784.238691.79411000.047
6.78-504.338612.4471990.033

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2151 / WRfactor Rwork: 0.1614 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8324 / SU B: 18.07 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.3263 / SU Rfree: 0.2421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 2034 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1797 40461 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 223.47 Å2 / Biso mean: 74.3428 Å2 / Biso min: 35.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6335 0 20 149 6504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.9738662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0245858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5523.137255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.73515986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9941560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214768
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 147 -
Rwork0.295 2560 -
all-2707 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5079-0.2540.61721.0172-0.50431.7899-0.05570.07880.16270.0866-0.0541-0.1475-0.12990.01220.10980.05170.0373-0.01990.08230.02660.042979.027339.628549.8767
21.7060.1462-0.07262.527-1.10850.6233-0.1189-0.03230.0423-0.40290.12370.16140.0872-0.0551-0.00480.32420.0165-0.11460.07330.02050.059859.432162.725213.3249
30.79220.59660.30111.91060.31871.8331-0.09980.11720.099-0.18290.03840.2489-0.1067-0.21810.06140.05170.0603-0.01750.19290.03090.056550.526737.349436.1916
40.61720.18450.04631.9995-0.52850.9536-0.1071-0.04890.0802-0.3874-0.2023-0.4641-0.02120.31730.30930.15390.02440.05620.15920.14910.232189.845260.238422.9117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 253
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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