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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4da7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the hexameric purine nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis in complex with aciclovir | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase deoD-type | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phosphorylase/hydrolase-like | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martins, N.H. / Giuseppe, P.O. / Meza, A.N. / Murakami, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into phosphate cooperativity and influence of substrate modifications on binding and catalysis of hexameric purine nucleoside phosphorylases. 著者: de Giuseppe, P.O. / Martins, N.H. / Meza, A.N. / Dos Santos, C.R. / Pereira, H.D. / Murakami, M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27562.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-AC2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THIS IS A CLONING ARTIFACT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 3.2 M sodium chloride, 5%(v/v) glycerol, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 19958 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.18 Å2 / Biso mean: 32.553 Å2 / Biso min: 13.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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