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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d9v | ||||||
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タイトル | Structure of the Type III Secretion System Protein | ||||||
![]() | YscD; putative type III secretion protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / FHA domain / Type III Secretion Protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gamez, A.M. / Ghosh, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and interactions of the cytoplasmic domain of the Yersinia type III secretion protein YscD. 著者: Gamez, A. / Mukerjea, R. / Alayyoubi, M. / Ghassemian, M. / Ghosh, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13565.556 Da / 分子数: 2 / 断片: Cytoplasmic domain, FHA domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 126 / 遺伝子: pYV0080, yscD / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.5 M NaHCOO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97961 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→35.31 Å / Num. all: 9825 / Num. obs: 9819 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 41.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 46.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 35.6 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 8.37 / % possible all: 80.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.056 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.519→35.308 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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