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- PDB-4d9n: Crystal structure of Diaminopropionate ammonia lyase from Escheri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9n
タイトルCrystal structure of Diaminopropionate ammonia lyase from Escherichia coli in complex with D-serine
要素Diaminopropionate ammonia-lyase
キーワードLYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopropionate ammonia-lyase / diaminopropionate ammonia-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Diaminopropionate ammonia-lyase / Diaminopropionate ammonia-lyase, subgroup / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-SERINE / Diaminopropionate ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Diaminopropionate Ammonia-lyase Reveals Mechanism of Enzyme Activation and Catalysis
著者: Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Kalyani, J.N. / Khan, F. / Rao, A.N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Structure summary
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopropionate ammonia-lyase
B: Diaminopropionate ammonia-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4114
ポリマ－87,2012
非ポリマー2102
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area27730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.611, 85.611, 207.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Diaminopropionate ammonia-lyase / Diaminopropionatase / Alpha / beta-diaminopropionate ammonia-lyase


分子量: 43600.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2871, JW2839, ygeX / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P66899, diaminopropionate ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-DSN / D-SERINE / D-セリン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 20% PEG 3350, 70mM magnesium chloride, 50mM lithium sulfate, 6mM sodium citrate, 40mM tris HCl pH 8.3. Crystals were soaked with 10mM D-ser in crystallization condition for 10 hrs before data ...詳細: 20% PEG 3350, 70mM magnesium chloride, 50mM lithium sulfate, 6mM sodium citrate, 40mM tris HCl pH 8.3. Crystals were soaked with 10mM D-ser in crystallization condition for 10 hrs before data collection., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月29日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 27635 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1311 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D9I

4d9i


解像度: 2.5→45.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 22.865 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26738 1377 5 %RANDOM
Rwork0.21713 ---
obs0.21956 26023 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5907 0 14 101 6022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0196040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9051.9548209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4075777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87124.863255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00215947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1391524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 75 -
Rwork0.288 1668 -
obs--96.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0027-0.00980.21840.45450.05810.89610.0467-0.0528-0.1717-0.1032-0.09050.09590.1864-0.11060.04380.1118-0.0259-0.0250.3296-0.04350.210123.69348.71974.336
23.24240.64450.25070.2769-0.36311.7733-0.0415-0.09460.1744-0.0186-0.05860.0916-0.0678-0.20230.10010.08360.0136-0.00880.2904-0.08130.210921.77955.56273.283
35.3909-0.4246-0.79322.52591.67091.93820.0949-0.4290.7055-0.0991-0.12040.3902-0.2756-0.22770.02550.0751-0.00330.03250.4804-0.13820.250720.39360.2887.264
42.25390.0495-0.9230.62180.48161.57810.0288-0.4310.150.0033-0.0727-0.0799-0.12410.03690.0440.094-0.0138-0.03570.4303-0.07550.209137.82157.3487.546
51.6735-0.19281.22610.866-0.35251.30140.14590.0178-0.09090.098-0.078-0.08130.19330.0022-0.06780.15030.0151-0.01540.2996-0.00150.178474.41946.53985.59
61.7563-0.39341.26730.4298-0.60752.2352-0.030.03180.17280.0446-0.1426-0.1611-0.09590.12170.17270.1102-0.017-0.00920.29380.00540.198876.42153.31285.846
70.10031.3842-0.212119.9809-3.11590.87260.2587-0.0558-0.11762.843-0.7389-2.309-0.83920.51690.48020.8345-0.4642-0.34640.65520.04490.692979.25565.03180.738
82.7370.0789-0.18810.4788-0.47231.1575-0.0406-0.1510.2469-0.019-0.09470.0339-0.06860.03340.13520.13390.0054-0.02430.3132-0.02350.198660.36759.00575.666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2A144 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3A245 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4A303 - 397
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6B146 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7B264 - 302
8X-RAY DIFFRACTION8B303 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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