PDB-4d9g: Crystal structure of Selenomethionine incorporated holo Diaminopr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d9g

タイトル

Crystal structure of Selenomethionine incorporated holo Diaminopropionate ammonia lyase from Escherichia coli

要素

Putative diaminopropionate ammonia-lyase

キーワード

LYASE / Fold type II PLP-dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes superfamily / S-hydroxyethylation of cysteine

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopropionate ammonia-lyase / diaminopropionate ammonia-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Murthy, M.R.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Diaminopropionate Ammonia-lyase Reveals Mechanism of Enzyme Activation and Catalysis
著者: Bisht, S. / Rajaram, V. / Bharath, S.R. / Kalyani, J.N. / Khan, F. / Rao, A.N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.

履歴

登録	2012年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Structure summary
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d9g.cif.gz	309.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d9g.ent.gz	255.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/4d9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d9iC 4d9kC 4d9mC 4d9nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d9n-d 4d9i-d 1ozq-1 2oko-1 4d9m-d 4d9k-1 6ygo-1 1wkf-2 2z1w-1 1ll7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative diaminopropionate ammonia-lyase

B: Putative diaminopropionate ammonia-lyase

ヘテロ分子

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.639, 85.639, 207.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Putative diaminopropionate ammonia-lyase / Diaminopropionatase / Alpha / beta-diaminopropionate ammonia-lyase 分子量: 44333.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2871, JW2839, ygeX / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P66899, diaminopropionate ammonia-lyase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 20% PEG 3350, 70mM magnesium chloride, 50mM lithium sulfate, 6mM sodium citrate, 5mM beta mercaptoethanol, 40mM tris HCl pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月19日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 53936 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 49.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Num. unique all: 2512 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX-AUTOSOL		モデル構築
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX-AUTOSOL		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.45→45.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 15.684 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.728 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24115	1471	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19277	-	-	-
obs	0.19534	27528	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5910	0	16	242	6168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.969	8274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.273	5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.622	24.821	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.589	15	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.688	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	933
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	4585

LS精密化シェル

解像度: 2.452→2.516 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	97	-
R_work	0.244	1755	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2083	-0.2652	-0.1117	0.2028	0.2419	1.524	-0.0447	-0.573	0.0392	0.0378	0.0047	0.1462	0.2208	-0.1619	0.04	0.0466	0.009	-0.0016	0.3686	-0.0637	0.1576	21.025	50.833	87.488
2	2.1093	0.328	1.0695	0.2787	0.4183	0.8517	0.1297	-0.2504	-0.1261	-0.0068	-0.0555	-0.0016	0.1078	-0.1176	-0.0742	0.1909	0.0027	-0.0085	0.295	0.0025	0.172	30.229	44.988	77.772
3	2.72	-0.8773	1.5032	2.2393	1.1638	3.0174	0.2129	0.0621	-0.3539	0.0495	-0.1554	0.1817	0.1836	-0.4487	-0.0575	0.2238	-0.0457	-0.0468	0.2619	-0.0476	0.2216	13.517	42.506	57.136
4	1.5278	0.1034	-0.0577	1.4468	-0.1354	1.015	-0.0456	-0.0067	0.1358	-0.1599	0.0073	0.0684	-0.1011	-0.0017	0.0383	0.1586	0.0226	-0.0558	0.2215	-0.0048	0.1954	22.939	60.764	62.835
5	0.9741	0.2914	-0.0385	0.3604	-0.6389	1.5162	-0.005	-0.3957	-0.0509	-0.0019	-0.0334	0.0159	-0.0198	-0.1212	0.0385	0.1051	-0.0039	-0.0065	0.3399	-0.0285	0.1779	20.866	47.675	82.003
6	3.0077	-0.539	0.1191	2.5896	0.7334	1.6678	-0.0022	-0.7579	0.5274	-0.1059	-0.0936	0.1453	-0.157	-0.0812	0.0958	0.0248	-0.002	-0.0064	0.4013	-0.1663	0.1881	22.503	58.788	88.712
7	5.4748	-0.4867	-0.1875	1.2021	-0.3436	0.5765	0.061	-0.3757	0.5698	-0.0198	-0.0697	-0.0402	-0.0205	-0.0755	0.0087	0.096	0.0098	-0.0269	0.3145	-0.1516	0.1134	29.604	57.192	87.12
8	0.9222	0.1631	0.7262	1.1351	1.0876	1.5201	-0.0638	-0.4006	0.333	0.0381	-0.0064	-0.0518	0.0677	-0.2476	0.0702	0.093	0.0456	-0.0079	0.434	-0.1315	0.2261	38.144	56.118	92.147
9	1.9681	-0.1393	-0.4679	0.4933	0.4476	1.5819	-0.031	-0.2127	0.2598	-0.0874	-0.0071	-0.0834	-0.0935	-0.1076	0.038	0.0962	0.0249	-0.0276	0.2591	-0.0619	0.163	39.627	56.24	82.437
10	1.4898	0.3015	0.0892	0.3317	-0.519	1.5974	0.0191	0.2495	0.1786	-0.0876	-0.1944	-0.1109	0.1483	0.4956	0.1752	0.092	0.0372	0.0458	0.3698	0.1048	0.1786	78.21	54.314	73.655
11	1.8263	-1.0124	1.3258	0.9576	-0.8787	1.0772	0.0761	-0.0008	-0.0286	-0.0035	-0.0392	-0.0555	0.1351	-0.0038	-0.0369	0.1798	0.0118	-0.01	0.2291	-0.0042	0.1767	73.892	42.569	88.099
12	5.9777	-3.2743	-1.674	4.1304	1.0468	0.8104	-0.1135	-0.5818	0.8341	0.2962	0.0739	-0.4268	-0.0867	-0.1693	0.0396	0.1584	0.0981	-0.1237	0.4643	-0.2249	0.3165	68.912	53.857	101.445
13	6.3773	-0.4296	0.0322	0.075	-0.36	3.4187	-0.1556	-0.4331	0.9848	0.1078	0.0396	-0.1091	-0.6928	-0.0606	0.116	0.2704	0.0188	-0.0792	0.217	-0.1392	0.33	77.654	59.582	102.499
14	0.4061	1.0049	-0.893	7.0179	-3.0645	7.7662	-0.0722	-0.1281	0.165	0.071	-0.2845	-0.3044	-0.4002	0.4317	0.3567	0.1131	-0.0298	-0.0858	0.242	-0.0096	0.2741	85.742	55.069	97.477
15	0.7909	-0.744	0.8407	0.7312	-0.618	1.9287	0.0908	0.3362	0.1804	-0.0989	-0.3202	-0.161	0.1426	0.3284	0.2294	0.1232	0.0572	0.0317	0.3102	0.0727	0.1991	76.387	47.738	76.906
16	2.0806	0.6382	1.2348	2.8642	0.1595	1.01	-0.0722	0.1438	0.5215	0.0544	-0.1934	-0.2134	-0.0965	0.2556	0.2656	0.082	-0.0086	-0.0361	0.2699	0.1161	0.2817	76.084	62.174	76.532
17	1.5487	-0.6915	0.1584	0.5228	-0.4266	0.648	-0.0806	0.0507	0.2557	0.035	-0.0646	-0.1322	-0.0087	0.0711	0.1452	0.1308	-0.0037	-0.0126	0.2578	0.025	0.2308	65.231	59.093	75.724
18	2.5406	-0.2689	-0.7483	1.3928	-0.8028	2.419	-0.0831	-0.0246	0.3055	0.0228	-0.0919	-0.0892	-0.0982	0.0337	0.175	0.081	0.0036	-0.0416	0.1636	-0.0117	0.1947	59.479	58.505	76.878

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	91 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	191 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	246 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	291 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	332 - 362
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	363 - 397
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	2 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	36 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	137 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	157 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	181 - 194
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	195 - 244
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	245 - 291
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	292 - 355
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	356 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)