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- PDB-4d8m: Crystal structure of Bacillus thuringiensis Cry5B nematocidal toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8m
タイトルCrystal structure of Bacillus thuringiensis Cry5B nematocidal toxin
要素Pesticidal crystal protein cry5Ba
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / glycolipid binding / Structural Genomics / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A - #40 / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain ...Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A - #40 / Pesticidal crystal protein Cry, domain V / Insecticidal delta-endotoxin CryIA(c) domain 5 / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry5Ba
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fan, H. / Hu, Y. / Aroian, R.V. / Ghosh, P. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure and Glycolipid Binding Properties of the Nematicidal Protein Cry5B.
著者: Hui, F. / Scheib, U. / Hu, Y. / Sommer, R.J. / Aroian, R.V. / Ghosh, P.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein cry5Ba


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0881
ポリマ－66,0881
非ポリマー00
水8,665481
1
A: Pesticidal crystal protein cry5Ba

A: Pesticidal crystal protein cry5Ba

A: Pesticidal crystal protein cry5Ba


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,2643
ポリマ－198,2643
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area68130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.528, 115.528, 110.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-720-

HOH

21A-778-

HOH

31A-832-

HOH

41A-1130-

HOH

51A-1136-

HOH

61A-1150-

HOH

71A-1152-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pesticidal crystal protein cry5Ba / 140 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryVB(a)


分子量: 66088.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: cry5Ba, cryVB(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45712
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.9793
シンクロトロンALS 5.0.220.97865
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.978651
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 37593 / Num. obs: 37218 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.341,299.9
2.34-2.381,299.9
2.38-2.431,299.9
2.43-2.481,299.9
2.48-2.531,299.9
2.53-2.591,299.9
2.59-2.661,2100
2.66-2.731,2100
2.73-2.811,2100
2.81-2.91,2100
2.9-31,2100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→39.894 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1856 4.99 %random
Rwork0.1726 ---
all0.2319 37243 --
obs0.1749 37191 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.271 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2711 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.2711 Å20 Å2
3----6.5422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 0 481 5105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1326431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7351729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005850
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38070.26121740.20343531X-RAY DIFFRACTION100
2.3807-2.4760.26131650.1923498X-RAY DIFFRACTION100
2.476-2.58870.24421850.19073536X-RAY DIFFRACTION100
2.5887-2.72510.3042070.19873511X-RAY DIFFRACTION100
2.7251-2.89580.24021740.18163548X-RAY DIFFRACTION100
2.8958-3.11930.23282040.18363520X-RAY DIFFRACTION100
3.1193-3.4330.22091880.16863511X-RAY DIFFRACTION100
3.433-3.92940.18871700.15663565X-RAY DIFFRACTION100
3.9294-4.94920.18211950.1393532X-RAY DIFFRACTION100
4.9492-39.90030.18171940.16893583X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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