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- PDB-4d7s: Structure of the SthK Carboxy-Terminal Region in complex with cGMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7s
タイトルStructure of the SthK Carboxy-Terminal Region in complex with cGMP
要素STHK_CNBD_CGMP
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein-containing complex binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Potassium channel domain / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種SPIROCHAETA THERMOPHILA DSM 6192 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kesters, D. / Brams, M. / Nys, M. / Wijckmans, E. / Spurny, R. / Voets, T. / Tytgat, J. / Ulens, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure of the SthK Carboxy-Terminal Region Reveals a Gating Mechanism for Cyclic Nucleotide-Modulated Ion Channels.
著者: Kesters, D. / Brams, M. / Nys, M. / Wijckmans, E. / Spurny, R. / Voets, T. / Tytgat, J. / Kusch, J. / Ulens, C.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector / struct
Item: _citation.title / _diffrn_detector.type / _struct.title
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: STHK_CNBD_CGMP
B: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0884
ポリマ－46,3972
非ポリマー6902
水19811
1
A: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

A: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

A: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

A: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1768
ポリマ－92,7954
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-59.1 kcal/mol
Surface area37050 Å2
手法PISA
2
B: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

B: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

B: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子

B: STHK_CNBD_CGMP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1768
ポリマ－92,7954
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-53.9 kcal/mol
Surface area37410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.202, 87.202, 142.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 STHK_CNBD_CGMP


分子量: 23198.697 Da / 分子数: 2 / 断片: CYCLIC NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, RESIDUES 226-423 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SPIROCHAETA THERMOPHILA DSM 6192 (バクテリア)
参照: UniProt: E0RR11
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→46.61 Å / Num. obs: 17256 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.68 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D7T

4d7t


解像度: 2.55→46.603 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 920 5.3 %
Rwork0.2028 --
obs0.2049 17255 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3153 0 46 11 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1174429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9251235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5502-2.68460.33861560.30062317X-RAY DIFFRACTION100
2.6846-2.85280.32661300.26592326X-RAY DIFFRACTION100
2.8528-3.0730.30631170.24962326X-RAY DIFFRACTION100
3.073-3.38220.30271590.23462315X-RAY DIFFRACTION100
3.3822-3.87140.24651340.19792319X-RAY DIFFRACTION99
3.8714-4.87680.22471020.17752380X-RAY DIFFRACTION100
4.8768-46.61030.18261220.18022352X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12610.2033-0.16530.2484-0.23430.67290.7726-0.2482-0.475-0.1437-0.3357-0.30090.0154-0.48670.03660.737-0.1496-0.23890.9184-0.09860.6651-22.6001-45.647417.5546
2-0.0822-0.1005-0.70310.0340.32430.35820.29230.03520.1343-0.0555-0.1272-0.1421-0.0381-0.04460.0010.47150.0508-0.00450.4522-0.09220.489-29.0533-25.95292.8793
31.4633-0.5241-0.86551.87820.26171.7560.16860.17260.00210.1635-0.0786-0.1522-0.1365-0.03230.00030.30250.0029-0.08310.4005-0.10560.3776-16.8295-35.7436-8.4522
40.3876-0.02330.00150.0545-0.06030.65310.0986-0.19040.6638-0.1307-0.25550.13420.29320.4754-0.01620.6613-0.06820.14570.64350.12310.5187-42.945-21.5065-59.4358
5-0.0047-0.060.03680.06440.18010.00170.27640.1402-0.14960.5192-0.32210.67390.29-0.20390.00110.5662-0.08910.05210.7968-0.1720.5699-25.8415-37.533-51.6233
60.064-0.0437-0.09280.1421-0.0070.13140.38470.48320.6611-0.12260.5611-0.2762-0.27410.69970.0120.7150.12020.14710.6226-0.0030.8228-17.2884-25.6997-40.4716
72.0064-0.1888-0.79771.69270.57952.36280.08320.04490.56510.367-0.0048-0.16640.1353-0.10170.24750.4501-0.00850.09470.3799-0.04760.5412-29.5991-20.5919-35.1436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 226 THROUGH 266 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 267 THROUGH 322 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 323 THROUGH 422 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 232 THROUGH 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 267 THROUGH 291 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 292 THROUGH 306 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 307 THROUGH 422 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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