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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d7t | ||||||
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タイトル | Structure of the SthK Carboxy-Terminal Region in complex with cAMP | ||||||
![]() | STHK_CNBD_CAMP | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / nucleotide binding / protein-containing complex binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kesters, D. / Brams, M. / Nys, M. / Wijckmans, E. / Spurny, R. / Voets, T. / Tytgat, J. / Ulens, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the SthK Carboxy-Terminal Region Reveals a Gating Mechanism for Cyclic Nucleotide-Modulated Ion Channels. 著者: Kesters, D. / Brams, M. / Nys, M. / Wijckmans, E. / Spurny, R. / Voets, T. / Tytgat, J. / Kusch, J. / Ulens, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1013.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1022.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23198.697 Da / 分子数: 2 / 断片: CYCLIC NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, RESIDUES 226-423 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: E0RR11 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: PH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→48.8 Å / Num. obs: 18751 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 69.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3U11 解像度: 2.582→48.799 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.12 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: DUE TO LOW RESOLUTION IN SOME AREAS A NUMBER OF RESIDUES WERE DELETED OR A NUMBER OF SIDE CHAIN WERE DELETED
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.582→48.799 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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