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万見
- PDB-4d7p: Superoxide reductase (1Fe-SOR) from Giardia intestinalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7p
タイトルSuperoxide reductase (1Fe-SOR) from Giardia intestinalis
要素SUPEROXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE REDUCTASE / PATHOGEN / PROTOZOAN / PARASITE / OXIDATIVE STRESS / EUKARYOTA
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodox domain-containing protein / Desulfoferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種GIARDIA INTESTINALIS (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Sousa, C.M. / Carpentier, P. / Matias, P.M. / Testa, F. / Pinho, F.G. / Sarti, P. / Giuffre, A. / Bandeiras, T.M. / Romao, C.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Superoxide Reductase from Giardia Intestinalis: Structural Characterization of the First Sor from a Eukaryotic Organism Shows an Iron Centre that is Highly Sensitive to Photoreduction.
著者: Sousa, C.M. / Carpentier, P. / Matias, P.M. / Testa, F. / Pinho, F. / Sarti, P. / Giuffre, A. / Bandeiras, T.M. / Romao, C.V.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6042
ポリマ－12,5491
非ポリマー561
水64936
1
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4178
ポリマ－50,1944
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-28.6 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.270, 90.270, 90.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

21A-2023-

HOH

31A-2026-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUPEROXIDE REDUCTASE


分子量: 12548.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GIARDIA INTESTINALIS (ランブル鞭毛虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD
参照: UniProt: E1EW53, UniProt: V6TJK7*PLUS, superoxide reductase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
解説: THE SEARCH MODEL USED WAS A PRELIMINARY AND REFINED SAD DATASET MEASURED IN-HOUSE TO 2.0A.
結晶化pH: 7 / 詳細: 24% DIOXANE, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98008
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.92 Å / Num. obs: 8422 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 31.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PRELIMINARY MODEL FROM SAD

解像度: 2.001→31.915 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 405 4.8 %
Rwork0.1946 --
obs0.1963 8417 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→31.915 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数755 0 1 36 792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.121055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.973284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006133
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0006-2.290.31841390.23272634X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.88490.25751430.22672640X-RAY DIFFRACTION100
2.8849-31.91930.19881230.17522738X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34250.0819-0.44630.1411-0.27420.62640.02880.05720.32540.23310.0806-0.23690.0652-0.09350.320.4369-0.0424-0.25160.2165-0.14850.49665.7303106.610557.3725
20.14750.07010.01110.382-0.45540.6765-0.0518-0.22570.38740.7432-0.0648-0.649-0.2340.0930.15720.233-0.0528-0.13890.2027-0.01440.52645.6449101.394652.2741
30.0591-0.0422-0.04640.12350.07070.0512-0.0187-0.08540.03830.0312-0.07120.09180.0311-0.1182-0.06660.6126-0.02130.39260.377-0.090.5856-17.089397.159661.6666
40.4882-0.03770.15320.0224-0.02530.0709-0.16270.14990.12850.3664-0.1498-0.0776-0.01530.0801-0.05040.1886-0.0056-0.010.15870.01550.29671.685298.471447.768
50.0043-0.00070.0324-0.00140.00230.276-0.0678-0.10420.00390.22280.07150.2058-0.1074-0.10510.08810.21980.06840.10120.3429-0.28960.5813-15.498103.570954.563
60.31720.1631-0.18690.2647-0.08480.21980.1537-0.3261-0.09780.7226-0.2152-0.1691-0.08060.0363-0.01150.4696-0.0428-0.08440.2283-0.03870.33492.057999.278459.5821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 16 THROUGH 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 57 THROUGH 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 63 THROUGH 83 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 84 THROUGH 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 92 THROUGH 111 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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