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- PDB-4d7m: TetR(D) in complex with anhydrotetracycline and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7m
タイトルTetR(D) in complex with anhydrotetracycline and magnesium
要素TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
キーワードTRANSCRIPTION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TETR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family ...Tetracycline transcriptional regulator, TetR / Tetracycline repressor TetR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE / Tetracycline repressor protein class D
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Werten, S. / Dalm, D. / Palm, G.J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Tetracycline Repressor Allostery Does not Depend on Divalent Metal Recognition.
著者: Werten, S. / Dalm, D. / Palm, G.J. / Grimm, C.C. / Hinrichs, W.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2014年12月10日ID: 2XPS
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0228
ポリマ－24,3341
非ポリマー6897
水3,225179
1
A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,04416
ポリマ－48,6672
非ポリマー1,37714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-112.8 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.628, 65.628, 178.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2057-

HOH

21A-2156-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D


分子量: 24333.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PWH208 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P0ACT4

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非ポリマー , 5種, 186分子

#2: 化合物 ChemComp-TDC / 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE / アンヒドロテトラサイクリン


分子量: 426.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N2O7
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 50 MM TRIS-HCL PH 9.0, 1 M (NH4)2SO4, 70 MM NACL, 10 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→28.9 Å / Num. obs: 28546 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRT

2trt


解像度: 1.55→61.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.394 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21669 1347 4.7 %RANDOM
Rwork0.17627 ---
obs0.17816 27199 99.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→61.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 41 179 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0511.9962434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90733873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.395220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58923.48389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34215303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6381518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2580.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9551.803862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9541.802861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8642.6911088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7652.071919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.552→1.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 98 -
Rwork0.275 1959 -
obs--98.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56530.05342.32520.15170.2063.56280.09540.20780.04010.0756-0.1344-0.02150.19470.1860.0390.0987-0.017-0.02450.19420.00470.027318.702927.595113.1312
20.9537-0.02510.30580.20620.25252.00510.01070.0568-0.0684-0.0088-0.00910.04640.2733-0.1546-0.00160.1181-0.0424-0.01250.0518-0.00450.01621.959126.909834.8375
31.3688-0.5727-0.31090.4861-0.0380.80150.00360.0956-0.0539-0.0241-0.00950.0421-0.0128-0.07210.0060.095-0.00350.00910.0557-0.01620.009824.866232.374735.0569
41.34850.3191-0.49940.2227-0.17411.1442-0.0111-0.0735-0.11250.0167-0.0325-0.00260.1690.11940.04360.14640.0028-0.00060.05520.00010.014538.837126.801442.8274
51.52462.3132-3.579811.3243-5.49448.41640.03190.0684-0.01830.1625-0.08280.0739-0.0889-0.13540.05090.0557-0.0183-0.02970.06350.01060.019719.494734.25134.8083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4A161 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5A222 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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