PDB-4d7l: Methionine sulfoxide reductase A of Corynebacterium diphtheriae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d7l

タイトル

Methionine sulfoxide reductase A of Corynebacterium diphtheriae

要素

PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / THIOL DISULFIDE EXCHANGE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process => GO:0036211
類似検索 - 分子機能

生物種

CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE NCTC 13129 (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Van Molle, I. / Tossounian, M.A. / Pedre, B. / Wahni, K. / Vertommen, D. / Messens, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Corynebacterium Diphtheriae Methionine Sulfoxide Reductase a Exploits a Unique Mycothiol Redox Relay Mechanism.
著者: Tossounian, M. / Pedre, B. / Wahni, K. / Erdogan, H. / Vertommen, D. / Van Molle, I. / Messens, J.

履歴

登録	2014年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d7l.cif.gz	276.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d7l.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d7l_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d7l_full_validation.pdf.gz	490 KB	表示
XML形式データ	4d7l_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4d7l_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ff3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qur-d 1yur-d 2uwa-2 1yus-d 5oce-1 3qun-d 3d40-d 3ibq-d 2uwb-2 3hyo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

ヘテロ分子

82.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.395, 140.175, 140.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1221- SO4
2	1	A-2235- HOH

#1: タンパク質	PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE MSRA / PROTEIN-METHIONINE-S-OXIDE REDUCTASE / PEPTIDE-METHIONINE (S)-S-OXIDE REDUCTASE / PEPTIDE MET(O) ...PROTEIN-METHIONINE-S-OXIDE REDUCTASE / PEPTIDE-METHIONINE (S)-S-OXIDE REDUCTASE / PEPTIDE MET(O) REDUCTASE / METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE A 分子量: 26145.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE NCTC 13129 (ジフテリア菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q6NEL2
#2: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE MSRA GENE WAS CLONED IN THE PET28A VECTOR, WITH A N- TERMINAL HIS-TAG AND A THROMBIN CLEAVAGE ...THE MSRA GENE WAS CLONED IN THE PET28A VECTOR, WITH A N- TERMINAL HIS-TAG AND A THROMBIN CLEAVAGE SITE, RESULTING IN THE FOLLOWING ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 0.1 M NA CACODYLATE PH 7.0, 0.35 M AMMONIUM SULFATE, 16% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月18日詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS PLUS CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 67677 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.85 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.79
反射シェル	解像度: 1.89→2.01 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FF3

1ff3

解像度: 1.895→41.291 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	3384	5 %
R_work	0.1536	-	-
obs	0.1555	67675	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→41.291 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	120	651	5633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	7213
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.621	1913
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	769
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8948-1.9219	0.3093	130	0.273	2471	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9219-1.9506	0.2789	139	0.2241	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9506-1.981	0.2585	139	0.2046	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.981-2.0135	0.2212	142	0.2025	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0135-2.0482	0.2411	138	0.1962	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0482-2.0855	0.2687	140	0.1843	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0855-2.1256	0.237	141	0.1787	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1256-2.169	0.2104	142	0.1669	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.2161	0.2144	138	0.1537	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2161-2.2677	0.1927	142	0.1474	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.3244	0.202	139	0.1499	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3244-2.3872	0.2064	141	0.1502	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3872-2.4575	0.1947	141	0.1483	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4575-2.5368	0.1935	141	0.1447	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5368-2.6274	0.2067	140	0.1554	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6274-2.7326	0.1996	142	0.1588	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7326-2.8569	0.1887	141	0.1517	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8569-3.0075	0.1842	142	0.1546	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0075-3.1959	0.2196	142	0.1595	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1959-3.4425	0.2052	142	0.1569	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4425-3.7888	0.1453	143	0.1347	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7888-4.3365	0.1583	144	0.128	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3365-5.4615	0.1482	144	0.1303	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4615-41.3011	0.1569	151	0.1511	2856	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8235	-0.1095	-0.1301	0.8358	0.0196	1.149	-0.0198	-0.0289	-0.0021	0.0028	-0.0074	-0.0243	0.0423	0.0502	0.0238	0.1512	0.0094	0.0066	0.1199	0.008	0.1499	40.8171	13.0178	-15.7931
2	2.152	-0.6464	0.3393	1.0829	-0.0953	1.2649	-0.0247	0.033	0.0818	-0.0122	0.0065	-0.0294	0.0042	0.0424	0.0145	0.1395	0.016	0.0043	0.1208	0.0031	0.1374	18.676	21.8463	13.3214
3	1.4917	0.445	-0.1612	1.1307	-0.414	1.3411	0.0007	-0.0147	-0.0242	-0.0069	-0.0199	-0.0006	0.0533	-0.0527	0.0179	0.1158	-0.0116	-0.0157	0.1421	0.0002	0.1431	62.938	20.85	18.6754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 7:219)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESSEQ 8:220)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESSEQ 7:219)

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関連情報:EMDBヘッダ

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