PDB-4d7j: Structure of Bacillus subtilis nitric oxide synthase in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d7j

タイトル

Structure of Bacillus subtilis nitric oxide synthase in complex with 6-(4-(((3-Fluorophenethyl)amino)methyl)phenyl)-4-methylpyridin-2- amine

要素

NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Holden, J.K. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Nitric Oxide Synthase as a Target for Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus.
著者: Holden, J.K. / Kang, S. / Beasley, F.C. / Cinelli, M.A. / Li, H. / Roy, S.G. / Dejam, D. / Edinger, A.L. / Nizet, V. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2014年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d7j.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d7j.ent.gz	137 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d7j_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d7j_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4d7j_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	4d7j_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d7hC 4d7iC 4d7oC 4lwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d3j-1 4ugh-1 4ugy-1 2fc1-1 4ugs-1 4ugc-1 4d7h-1 4uqr-1 4d3u-1 4ugk-1 4ug5-1 4d3o-1 4ugq-1 4ugx-1 5g6i-1 4ugo-1 4lwb-2 5g65-1 5g6n-1 4ugp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (8) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE

ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.531, 94.801, 62.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2366- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE / NOSOXY-LIKE PROTEIN / NITRIC OXIDE SYNTHASE 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165

-
非ポリマー , 8種, 407分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン分子量: 241.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-0GD / 6-[4-({[2-(3-fluorophenyl)ethyl]amino}methyl)phenyl]-4-methylpyridin-2-amine 分子量: 335.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂FN₃
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	SURFACE ENTROPY MUTATIONS E25A, E26A, E316A INTRODUCED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.14 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月2日 / 詳細: RH COATED FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→37.06 Å / Num. obs: 70341 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LWA

4lwa

解像度: 1.55→37.061 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	3549	5.1 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1745	70050	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.061 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2941	0	121	397	3459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.193	4279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.618	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	544

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5712	0.4091	150	0.3923	2569	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5712-1.5937	0.3947	130	0.3652	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5937-1.6175	0.3344	121	0.3394	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6175-1.6428	0.3275	142	0.3373	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6428-1.6697	0.33	133	0.3221	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6697-1.6985	0.3692	137	0.3538	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6985-1.7294	0.3729	144	0.3243	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7294-1.7626	0.2695	121	0.245	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7626-1.7986	0.2805	141	0.2399	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7986-1.8377	0.2531	146	0.2176	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8377-1.8805	0.2379	165	0.2081	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8805-1.9275	0.2458	144	0.1984	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9275-1.9796	0.2207	155	0.1847	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9796-2.0378	0.1865	136	0.1849	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.1036	0.237	129	0.1847	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1036-2.1788	0.1857	132	0.1715	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1788-2.266	0.1996	143	0.1604	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.266-2.3691	0.225	155	0.1662	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3691-2.494	0.2103	172	0.1617	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.6502	0.1909	148	0.16	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6502-2.8548	0.2443	127	0.1622	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8548-3.1419	0.1861	129	0.1582	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1419-3.5962	0.1649	141	0.1534	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5962-4.5296	0.155	146	0.1333	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5296-37.0717	0.1822	162	0.1549	2871	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5147	-1.217	-3.9189	6.4375	0.9004	2.1104	0.0936	1.0914	-0.5028	-1.1365	0.2619	0.2137	0.3529	-0.5417	-0.4348	0.5648	-0.0494	-0.1518	0.45	0.0027	0.2412	-3.2803	25.6245	-1.0088
2	1.9151	0.4356	0.0039	1.8305	-0.04	0.9572	-0.124	0.3457	0.3514	-0.4088	0.1128	0.0889	-0.2083	0.0031	0.0237	0.2335	-0.0312	-0.0213	0.1671	0.0594	0.1706	2.7024	29.9971	14.5526
3	4.1801	-0.0704	-0.2396	2.4278	1.069	7.8274	-0.0848	0.154	-0.3794	-0.0757	-0.064	-0.5222	0.2458	0.3551	0.1196	0.1076	0.0057	0.0108	0.1618	-0.0023	0.2842	25.0517	18.4086	30.4927
4	0.6619	0.1362	0.0157	1.762	-0.7011	0.9734	-0.0222	0.0148	0.0183	-0.007	0.0088	-0.1352	-0.0528	0.0821	0.0251	0.0924	-0.0058	-0.0072	0.1331	-0.0285	0.1471	9.7103	15.4386	32.8146
5	0.864	0.1267	-0.4076	1.925	-0.1067	1.976	-0.0164	0.1248	0.0022	-0.3146	0.1077	0.2291	0.0391	-0.1786	-0.066	0.1429	-0.0148	-0.0378	0.1367	-0.0033	0.1596	-4.0012	11.4498	20.5258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 2 THROUGH 21 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 22 THROUGH 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 135 THROUGH 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 172 THROUGH 294 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 295 THROUGH 363 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 8種, 407分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 8種, 407分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 8種, 407分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)