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万見
- PDB-4d7c: Monoclinic crystal form of the extracellular olfactomedin domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d7c
タイトルMonoclinic crystal form of the extracellular olfactomedin domain from gliomedin
要素GLIOMEDIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / MYELIN / BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


clustering of voltage-gated sodium channels / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / microvillus organization / collagen trimer / axon / cell surface / signal transduction / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Han, H. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Olfactomedin Domain from Gliomedin is a Beta-Propeller with Unique Structural Properties.
著者: Han, H. / Kursula, P.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLIOMEDIN
B: GLIOMEDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9174
ポリマ－64,8712
非ポリマー462
水10,106561
1
A: GLIOMEDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4582
ポリマ－32,4361
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLIOMEDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4582
ポリマ－32,4361
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.550, 141.700, 46.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GLIOMEDIN


分子量: 32435.500 Da / 分子数: 2 / 断片: OLFACTOMEDIN DOMAIN, UNP RESIDUES 260-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q80WL1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.5, 20% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 78451 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D77

4d77


解像度: 1.45→43.084 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1565 2 %
Rwork0.1734 --
obs0.1742 78443 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3973 0 2 561 4536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0295708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9071533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.49680.3361370.30656908X-RAY DIFFRACTION97
1.4968-1.55030.33051510.2686912X-RAY DIFFRACTION98
1.5503-1.61240.29471310.23476916X-RAY DIFFRACTION98
1.6124-1.68580.25831450.21226943X-RAY DIFFRACTION99
1.6858-1.77460.25621420.19877034X-RAY DIFFRACTION99
1.7746-1.88580.23611400.17316975X-RAY DIFFRACTION99
1.8858-2.03140.20741470.15876974X-RAY DIFFRACTION99
2.0314-2.23590.15741380.14837009X-RAY DIFFRACTION99
2.2359-2.55940.20371430.15237062X-RAY DIFFRACTION100
2.5594-3.22440.18571470.16247034X-RAY DIFFRACTION100
3.2244-43.10270.19321440.15597111X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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