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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d79 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA, in complex with ATP at 1.768 Angstroem resolution | ||||||
要素 | TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE | ||||||
キーワード | LIGASE / L-CYSTEINE DESULFURASE / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報合成酵素; C-O結合を形成 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase activity / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.768 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015タイトル: The Crystal Structure and Small-Angle X-Ray Analysis of Csdl/Tcda Reveal a New tRNA Binding Motif in the Moeb/E1 Superfamily. 著者: Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W.E. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4d79.cif.gz | 399 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4d79.ent.gz | 328.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4d79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d79 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
| #1: タンパク質 | 分子量: 29667.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 528分子 








| #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % / 解説: NONE |
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-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97948, 1.99976 | |||||||||
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL | |||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
| 放射波長 |
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| 反射 | 解像度: 1.77→77.23 Å / Num. obs: 89893 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19 | |||||||||
| 反射 シェル | 解像度: 1.77→1.77 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 38.8 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 1JWA 解像度: 1.768→41.128 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 34.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.768→41.128 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用











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