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- PDB-4d79: Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d79
タイトルCrystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA, in complex with ATP at 1.768 Angstroem resolution
要素TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
キーワードLIGASE / L-CYSTEINE DESULFURASE / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-O結合を形成 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.768 Å
データ登録者Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C.
引用ジャーナル: Plos One / : 2015
タイトル: The Crystal Structure and Small-Angle X-Ray Analysis of Csdl/Tcda Reveal a New tRNA Binding Motif in the Moeb/E1 Superfamily.
著者: Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W.E. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Data collection
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
B: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
C: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
D: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,54421
ポリマ-118,6694
非ポリマー2,87617
9,206511
1
A: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
B: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,81811
ポリマ-59,3342
非ポリマー1,4849
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
2
C: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
D: TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,72610
ポリマ-59,3342
非ポリマー1,3928
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-25.2 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.690, 97.160, 83.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-1, 0.002, -0.0073), (-0.0056, -0.8416, 0.5401), (-0.0051, 0.5402, 0.8415)-14.4379, 78.4705, -23.0103
2given(0.7664, 0.6198, 0.1686), (-0.5323, 0.7597, -0.3735), (-0.3596, 0.1965, 0.9122)-44.3043, 30.8541, -49.7365
3given(-0.7519, -0.626, -0.2069), (0.2284, -0.5417, 0.8089), (-0.6184, 0.561, 0.5503)32.9705, 25.5924, -46.676

-
要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE / T(6)A37 DEHYDRATASE / SULFUR ACCEPTOR PROTEIN


分子量: 29667.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / : K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46927, 合成酵素; C-O結合を形成

-
非ポリマー , 5種, 528分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : K
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97948, 1.99976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979481
21.999761
反射解像度: 1.77→77.23 Å / Num. obs: 89893 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.77→1.77 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 38.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JWA
解像度: 1.768→41.128 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 4502 5 %
Rwork0.1416 --
obs0.1437 89863 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.768→41.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7406 0 172 511 8089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0187794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1210559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4342823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7683-1.78840.2705640.26871195X-RAY DIFFRACTION41
1.7884-1.80950.3371910.28581724X-RAY DIFFRACTION58
1.8095-1.83150.33991340.29482700X-RAY DIFFRACTION92
1.8315-1.85470.35921450.27912849X-RAY DIFFRACTION95
1.8547-1.87910.29951650.25812893X-RAY DIFFRACTION98
1.8791-1.90490.28251630.22722898X-RAY DIFFRACTION100
1.9049-1.93210.26591390.1993012X-RAY DIFFRACTION100
1.9321-1.96090.20631520.17622928X-RAY DIFFRACTION100
1.9609-1.99160.20491620.15362933X-RAY DIFFRACTION100
1.9916-2.02420.21641620.152957X-RAY DIFFRACTION100
2.0242-2.05910.21211660.14682921X-RAY DIFFRACTION100
2.0591-2.09660.18711470.14082960X-RAY DIFFRACTION100
2.0966-2.13690.19161530.13852950X-RAY DIFFRACTION100
2.1369-2.18050.19841590.13992985X-RAY DIFFRACTION100
2.1805-2.22790.17781370.13812962X-RAY DIFFRACTION100
2.2279-2.27970.2021520.13712935X-RAY DIFFRACTION100
2.2797-2.33670.16811490.12112991X-RAY DIFFRACTION100
2.3367-2.39990.1631460.1242957X-RAY DIFFRACTION100
2.3999-2.47050.1721670.13152917X-RAY DIFFRACTION100
2.4705-2.55030.18271610.13612962X-RAY DIFFRACTION100
2.5503-2.64140.1791590.13932957X-RAY DIFFRACTION100
2.6414-2.74710.19371430.13383004X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-2.87210.17051760.13482924X-RAY DIFFRACTION100
2.8721-3.02350.17791670.14122966X-RAY DIFFRACTION100
3.0235-3.21290.17481380.13532984X-RAY DIFFRACTION100
3.2129-3.46080.15971730.13372972X-RAY DIFFRACTION100
3.4608-3.80890.15551550.12122949X-RAY DIFFRACTION99
3.8089-4.35950.15111550.11192981X-RAY DIFFRACTION99
4.3595-5.49040.14571720.11442963X-RAY DIFFRACTION100
5.4904-41.1390.20561500.15953032X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44750.2160.30960.11760.1830.52620.03670.08640.4182-0.1715-0.0973-0.0227-0.24880.0332-0.0810.29660.01220.060.18950.09890.2797-1.290969.35423.68
20.22620.09210.30510.41410.14480.4529-0.02310.12960.1577-0.07110.2454-0.1052-0.07240.07370.64040.1618-0.05460.08890.16380.03010.33236.376761.610930.0141
30.0761-0.0279-0.07150.0149-0.00310.04340.0060.2239-0.1333-0.11190.0317-0.2332-0.0196-0.02780.00010.1874-0.01720.04650.181-0.01520.28922.269548.528328.0164
40.24010.05220.00160.15630.06140.0319-0.07030.2593-0.1519-0.13890.1695-0.12490.0756-0.03270.0280.1834-0.02550.04940.2082-0.03870.1832-1.757745.227623.137
50.17970.19340.07460.62780.50420.47980.06390.10710.0455-0.04340.1352-0.4377-0.01540.08440.11240.1572-0.02130.06790.2292-0.05360.367213.801350.38429.6832
60.39390.0176-0.11620.1672-0.01740.2975-0.0715-0.10740.14850.0165-0.0791-0.40840.1750.3648-0.4078-0.23770.0038-0.01920.21960.01230.482817.605247.744641.5617
70.00090.00390.03060.0046-0.00150.15650.0141-0.0761-0.04450.1448-0.004-0.27660.09070.1108-0.00580.1488-0.0036-0.03150.2139-0.0280.33915.866450.803342.5926
80.05150.0029-0.06220.0564-0.00840.05310.1372-0.32480.08340.20190.0424-0.1022-0.01450.0890.00380.1685-0.0127-0.0480.2851-0.03160.20431.631451.422550.7501
90.17160.27110.26721.02270.96460.9230.0755-0.2642-0.15610.0939-0.2839-0.22990.2010.2038-0.36740.23910.0754-0.07920.46680.10840.486914.826443.043649.4951
100.1062-0.03620.05640.0482-0.11690.26630.1312-0.2432-0.20720.13810.0116-0.16070.11190.18-0.00150.1762-0.0158-0.0660.3001-0.03650.30285.39347.94450.1223
110.0170.0626-0.04190.0854-0.08010.3484-0.0126-0.11270.0866-0.0160.0284-0.1079-0.00140.06130.00260.1336-0.01710.00130.1482-0.02520.29063.165160.668839.1965
120.0755-0.0191-0.06880.0573-0.00820.0761-0.0558-0.0811-0.290.0193-0.13310.03170.2062-0.0509-0.00650.2008-0.01170.0010.1652-0.03090.2004-13.795332.884634.0847
130.1429-0.1191-0.19320.15330.19190.2392-0.02370.1477-0.0429-0.0240.04470.10590.1049-0.12820.00010.1596-0.0212-0.01240.15650.01640.2541-20.916142.846635.4264
140.0865-0.0597-0.12520.14080.10690.0847-0.00620.15280.0139-0.31290.01580.03830.0666-0.057900.1913-0.0126-0.02460.19750.03750.1689-16.885152.891626.8173
150.04530.0150.03970.04170.03780.0211-0.06470.16820.1264-0.08390.1327-0.05140.02680.2917-0.00060.23130.00040.010.24910.03860.2019-10.357258.034920.2419
160.10030.0902-0.09740.1845-0.01450.1110.01050.1614-0.0935-0.17670.01370.07190.0541-0.1236-0.00080.2208-0.017-0.04980.2320.01120.1657-18.353845.229922.801
170.37960.1976-0.10491.025-0.45710.23990.01110.20890.063-0.26770.21170.25380.0946-0.51030.09160.17590.0418-0.0490.46520.13140.3109-33.71856.113127.6665
180.31950.04890.02670.63390.05240.2741-0.1350.17210.0447-0.33340.11280.444-0.0188-0.21870.01760.15180.0102-0.02650.23520.0490.3161-29.079457.802936.302
190.0888-0.1199-0.1130.1320.1210.09710.0930.06110.10950.0181-0.04170.1521-0.089-0.0561-0.00020.15770.01560.00280.21190.02860.2865-20.59358.602840.3356
200.0072-0.0016-0.010.0304-0.00780.0246-0.0243-0.1013-0.08010.055-0.05630.1274-0.1281-0.036100.15720.0052-0.00170.1882-0.01980.2297-16.168862.254947.1705
210.2640.1983-0.31030.1545-0.25240.80980.21510.08990.1543-0.1524-0.190.3486-0.2617-0.13180.03090.20870.073-0.06540.2592-0.02360.4641-29.279969.067941.1
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260.35360.16210.19890.26780.01190.2206-0.02220.0904-0.12690.0619-0.0115-0.1644-0.01530.0733-0.00010.1963-0.0005-0.00050.20340.00070.204-1.207156.041571.1548
270.87290.29720.05481.2299-0.00690.46870.0822-0.1221-0.03020.356-0.1001-0.1947-0.09720.0791-0.00280.3029-0.0288-0.04680.20610.00490.1556-1.01465.375886.1407
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290.20870.0781-0.18560.37480.19410.36640.00340.008-0.1430.14160.0022-0.02190.16130.033200.28240.0006-0.01040.20150.01470.2629-13.301538.561279.0528
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310.0827-0.0153-0.02740.0436-0.05960.06640.00940.0938-0.1774-0.1337-0.0645-0.13080.20860.01610.00010.28820.00150.00580.2023-0.03890.2439-13.682441.291964.8514
320.3442-0.4636-0.19270.63050.27130.12930.2287-0.1138-0.0604-0.4576-0.09340.16030.2436-0.17690.01880.279-0.0958-0.08170.3786-0.03320.3114-33.112341.325261.8292
330.1431-0.0903-0.17580.04430.09290.15060.06490.092-0.10420.1204-0.09960.3506-0.0384-0.2426-0.00010.2445-0.03920.0010.3084-0.02110.31-33.777945.694370.4217
340.07470.08430.03390.1039-0.08120.2141-0.0375-0.05380.10910.0333-0.08670.2416-0.0093-0.21580.00010.2671-0.01260.04340.3067-0.04230.277-29.62157.67378.3991
350.0126-0.01290.01590.0108-0.01350.0377-0.0030.30310.0647-0.08940.07630.3075-0.0702-0.005300.2028-0.012-0.00520.4302-0.05620.4478-41.546556.369370.3038
360.0140.0163-0.03190.2119-0.01690.01180.09510.11260.0670.2171-0.16660.12480.0382-0.339-0.00940.284-0.06360.09150.4255-0.06390.3459-39.150252.880980.9256
370.04160.0280.02730.02290.03070.02480.21620.03260.21960.2635-0.08270.3502-0.3283-0.364300.33340.10410.02420.31280.02630.3331-26.399270.506269.8154
38-0.02480.03220.01780.20490.23580.22760.06440.09910.0440.1606-0.10710.22630.0617-0.0895-0.00010.2501-0.02090.06890.2074-0.00920.2278-22.387247.987581.6408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 70 THROUGH 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 131 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 132 THROUGH 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 145 THROUGH 160 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 161 THROUGH 175 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 176 THROUGH 189 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 190 THROUGH 241 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 242 THROUGH 268 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 20 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 21 THROUGH 41 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 42 THROUGH 69 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 70 THROUGH 84 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 85 THROUGH 105 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 106 THROUGH 120 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 121 THROUGH 144 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'B' AND (RESID 145 THROUGH 160 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'B' AND (RESID 161 THROUGH 175 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'B' AND (RESID 176 THROUGH 189 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'B' AND (RESID 190 THROUGH 206 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 241 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'B' AND (RESID 242 THROUGH 268 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 29 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'C' AND (RESID 30 THROUGH 96 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'C' AND (RESID 97 THROUGH 241 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'C' AND (RESID 242 THROUGH 275 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 41 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'D' AND (RESID 42 THROUGH 84 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'D' AND (RESID 85 THROUGH 105 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'D' AND (RESID 106 THROUGH 119 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'D' AND (RESID 120 THROUGH 145 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'D' AND (RESID 146 THROUGH 175 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'D' AND (RESID 176 THROUGH 189 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'D' AND (RESID 190 THROUGH 206 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'D' AND (RESID 207 THROUGH 241 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'D' AND (RESID 242 THROUGH 267 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る