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万見
- PDB-4d73: X-ray structure of a peroxiredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d73
タイトルX-ray structure of a peroxiredoxin
要素(1-CYS PEROXIREDOXIN) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT PROTEIN / PRX5 / REDOX REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin / TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / apicoplast / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Staudacher, V. / Djuika, C.F. / Koduka, J. / Schlossarek, S. / Kopp, J. / Buechler, M. / Lanzer, M. / Deponte, M.
引用ジャーナル: Free Radic.Biol.Med. / 年: 2015
タイトル: Plasmodium Falciparum Antioxidant Protein Reveals a Novel Mechanism for Balancing Turnover and Inactivation of Peroxiredoxins
著者: Staudacher, V. / Djuika, C.F. / Koduka, J. / Schlossarek, S. / Kopp, J. / Buechler, M. / Lanzer, M. / Deponte, M.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-CYS PEROXIREDOXIN
B: 1-CYS PEROXIREDOXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1902
ポリマ－42,1902
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.419, 77.366, 109.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 1-CYS PEROXIREDOXIN


分子量: 21118.924 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q5MYR6, peroxiredoxin
#2: タンパク質 1-CYS PEROXIREDOXIN


分子量: 21070.926 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q5MYR6, peroxiredoxin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PFAOPL109M WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 277 K WITH A RESERVOIR COMPOSITION OF 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 13 % W/V PEG 4000, AND 18% V/V 2-PROPANOL. CRYSTALLIZATION ...詳細: PFAOPL109M WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 277 K WITH A RESERVOIR COMPOSITION OF 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 13 % W/V PEG 4000, AND 18% V/V 2-PROPANOL. CRYSTALLIZATION DROPS CONTAINED 250 NL 15 MG/ML PFAOPL109M MIXED WITH 500 NL RESERVOIR SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.4 Å / Num. obs: 157758 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XIY

1xiy


解像度: 1.8→30.4 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES A80-A86 AND B115-B119 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1951 1662 5 %
Rwork0.1516 --
obs0.1537 33206 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 0 234 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2083918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1061104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8530.28071490.2182544X-RAY DIFFRACTION100
1.853-1.91280.24531380.19822574X-RAY DIFFRACTION99
1.9128-1.98110.23491580.17952581X-RAY DIFFRACTION99
1.9811-2.06040.20191630.16422542X-RAY DIFFRACTION99
2.0604-2.15420.19481330.15092614X-RAY DIFFRACTION99
2.1542-2.26770.22991400.14652599X-RAY DIFFRACTION99
2.2677-2.40980.22371190.14432635X-RAY DIFFRACTION100
2.4098-2.59570.21691300.14272646X-RAY DIFFRACTION99
2.5957-2.85680.18791200.14772648X-RAY DIFFRACTION100
2.8568-3.26970.15281100.14292674X-RAY DIFFRACTION99
3.2697-4.11790.18661370.13142702X-RAY DIFFRACTION100
4.1179-30.40440.17051650.15822785X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1482-1.12290.89754.4812-1.65222.24950.03520.786-0.1022-0.19020.15850.5124-0.3437-0.6075-0.16230.2050.08340.04270.27210.04680.3035-10.00025.2506-5.2477
22.0992-0.1134-1.61634.97450.2688.32060.0455-0.41410.22060.08320.0328-0.1177-0.61840.8159-0.08420.3121-0.07870.05980.1586-0.06370.18186.61956.33338.1453
32.71930.3757-0.89441.7572-0.05451.13520.1349-0.18590.38860.15920.00760.0416-0.50790.1064-0.08950.2786-0.03650.0630.1571-0.00140.2553.07046.98422.3438
40.85990.3504-0.37163.8962-2.21532.8415-0.05540.0828-0.0411-0.3118-0.0772-0.24090.10050.18380.15520.1423-0.00330.02250.1632-0.00890.16097.9971-6.921-4.1206
51.6049-0.109-0.96972.4107-0.78663.71840.0227-0.06380.07420.0703-0.0616-0.1891-0.10220.32430.01460.1457-0.03240.00650.161-0.01480.15796.0793-2.86386.8329
60.84831.07890.18626.2792-1.31521.98020.02020.08210.243-0.06070.16980.4371-0.2176-0.3843-0.12150.12980.04890.01730.260.02380.2384-10.8872-3.17753.4847
71.31410.8268-0.18261.689-0.56742.59040.00860.11780.0531-0.13880.07680.16870.1027-0.2405-0.05490.13890.0032-0.0110.18020.00290.1617-6.335-9.7356-1.4136
88.672-0.20821.1422.8554-2.65322.66170.1760.87240.204-1.1177-0.373-0.66940.3267-0.39110.10560.39250.03810.06450.3181-0.02940.21982.9861-7.9764-16.7732
95.9998-0.9474-1.51721.9115-0.00243.9265-0.24670.0826-0.033-0.03510.07250.03810.6909-0.28420.20770.3488-0.10390.03220.13510.00290.1992-5.7452-21.755524.5361
102.65050.6793-3.96051.8892-1.055.9174-0.0724-0.0743-0.05890.331-0.07780.15520.14920.41380.06040.33050.02620.09320.21370.00540.21888.8092-27.816216.9023
111.2085-0.3594-0.08921.0461-0.29522.2101-0.1072-0.029-0.2181-0.060.11410.32780.8284-0.47510.0090.395-0.10310.01210.18080.01340.2092-5.6659-22.352929.0304
120.7239-0.6709-0.27622.9513-1.73114.6302-0.07260.03150.07060.1125-0.1199-0.3384-0.0330.31050.19350.1585-0.0285-0.00130.2205-0.00090.20856.743-8.617128.198
135.35451.8638-0.71685.3412-0.98596.6852-0.1348-0.831-0.49980.7742-0.0783-0.42530.42430.33790.12810.33020.071-0.01850.26190.05160.22536.4503-20.092440.4376
141.56850.15080.23992.702-1.14334.5854-0.06610.0311-0.0617-0.0619-0.0799-0.10420.35760.20830.09460.14640.00170.02310.1252-0.01050.13343.2699-15.573222.3598
150.8767-0.2881-0.14372.1823-1.48454.1801-0.0791-0.10180.00730.18250.14850.1799-0.2484-0.5071-0.0840.15260.00560.03250.2036-0.01470.1592-7.2787-5.091229.0497
164.1214-0.4133-0.50617.2771-3.74965.1104-0.1311-0.5037-0.06630.8685-0.0267-0.2931-0.54560.03070.12430.2341-0.0413-0.02710.274-0.04340.15432.6312-6.532141.4319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 59 THROUGH 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 69 THROUGH 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 109 THROUGH 139 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 173 THROUGH 183 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 184 THROUGH 227 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 228 THROUGH 238 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 63 THROUGH 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 78 THROUGH 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 90 THROUGH 108 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 109 THROUGH 127 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 128 THROUGH 139 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 140 THROUGH 172 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 173 THROUGH 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 221 THROUGH 237 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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