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万見
- PDB-4d6a: Human myelin protein P2 after neutron scattering experiments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6a
タイトルHuman myelin protein P2 after neutron scattering experiments
要素MYELIN P2 PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PALMITIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Laulumaa, S. / Natali, F. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Dynamics of the Peripheral Membrane Protein P2 from Human Myelin Measured by Neutron Scattering-A Comparison between Wild-Type Protein and a Hinge Mutant.
著者: Laulumaa, S. / Nieminen, T. / Lehtimaki, M. / Aggarwal, S. / Simons, M. / Koza, M.M. / Vattulainen, I. / Kursula, P. / Natali, F.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6644
ポリマ－15,0231
非ポリマー6413
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.670, 57.670, 100.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 MYELIN P2 PROTEIN / PERIPHERAL MYELIN PROTEIN 2 / MYELIN PROTEIN P2


分子量: 15023.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTH27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P02689
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9444
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9444 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 30872 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WUT

2wut


解像度: 1.45→29.002 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1839 1540 5 %
Rwork0.1469 --
obs0.1488 30806 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1062 0 44 180 1286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091164
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3241565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.981468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.49680.32321360.26542590X-RAY DIFFRACTION100
1.4968-1.55030.30091380.21152618X-RAY DIFFRACTION100
1.5503-1.61230.2091380.17332620X-RAY DIFFRACTION100
1.6123-1.68570.21181380.15372620X-RAY DIFFRACTION100
1.6857-1.77460.18221390.13262630X-RAY DIFFRACTION100
1.7746-1.88570.15431370.12142629X-RAY DIFFRACTION100
1.8857-2.03130.17181400.11722649X-RAY DIFFRACTION100
2.0313-2.23570.17241410.12492669X-RAY DIFFRACTION100
2.2357-2.5590.18691410.1382680X-RAY DIFFRACTION100
2.559-3.22340.17941430.15292726X-RAY DIFFRACTION100
3.2234-29.00760.1731490.152835X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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