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- PDB-4d69: SOYBEAN AGGLUTININ FROM GLYCINE MAX IN COMPLEX WITH THE ANTIGEN Tn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d69
タイトルSOYBEAN AGGLUTININ FROM GLYCINE MAX IN COMPLEX WITH THE ANTIGEN Tn
要素
  • LECTIN
  • SHORT ANTIGEN PEPTIDE
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / Lectin
類似検索 - 構成要素
生物種GLYCINE MAX (ダイズ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Madariaga, D. / Martinez-Saez, N. / Somovilla, V.J. / Coelho, H. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Barbero, J. / Busto, J.H. / Avenoza, A. ...Madariaga, D. / Martinez-Saez, N. / Somovilla, V.J. / Coelho, H. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Barbero, J. / Busto, J.H. / Avenoza, A. / Marcelo, F. / Hurtado-Guerrero, R. / Corzana, F. / Peregrina, J.M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Detection of Tumor-Associated Glycopeptides by Lectins: The Peptide Context Modulates Carbohydrate Recognition.
著者: Madariaga, D. / Martinez-Saez, N. / Somovilla, V.J. / Coelho, H. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Barbero, J. / Busto, J.H. / Avenoza, A. / Marcelo, F. / ...著者: Madariaga, D. / Martinez-Saez, N. / Somovilla, V.J. / Coelho, H. / Valero-Gonzalez, J. / Castro-Lopez, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Barbero, J. / Busto, J.H. / Avenoza, A. / Marcelo, F. / Hurtado-Guerrero, R. / Corzana, F. / Peregrina, J.M.
履歴
登録2014年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LECTIN
B: LECTIN
C: LECTIN
D: LECTIN
E: LECTIN
F: LECTIN
G: LECTIN
H: LECTIN
I: LECTIN
J: LECTIN
K: LECTIN
L: LECTIN
O: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
P: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
Q: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
R: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
S: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
T: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
U: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
V: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
W: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
X: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
Y: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
Z: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,93172
ポリマ－337,86524
非ポリマー9,06648
水2,126118
1
I: LECTIN
O: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: LECTIN
P: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
J: LECTIN
Q: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: LECTIN
R: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: LECTIN
S: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: LECTIN
T: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
E: LECTIN
U: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
L: LECTIN
V: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
G: LECTIN
W: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
F: LECTIN
X: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: LECTIN
Y: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
H: LECTIN
Z: SHORT ANTIGEN PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9116
ポリマ－28,1552
非ポリマー7554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.232, 114.232, 202.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.6846, 0.7284, -0.02835), (0.7289, -0.6836, 0.03711), (0.007651, -0.04606, -0.9989)
ベクター: 106.2, -76.25, 22.93)

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKLOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質
LECTIN / AGGLUTININ / SBA / SOYBEAN AGGLUTININ FROM GLYCINE MAX


分子量: 27595.816 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GLYCINE MAX (ダイズ) / 参照: UniProt: P05046
#2: タンパク質・ペプチド
SHORT ANTIGEN PEPTIDE


分子量: 559.593 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
糖 , 2種, 24分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 142分子

#5: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 81148 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SBF

1sbf


解像度: 2.7→202.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 37.493 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27433 2232 2.8 %RANDOM
Rwork0.23022 ---
obs0.23146 78876 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.993 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20.76 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----4.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→202.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21854 0 528 118 22500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01923078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.96731563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.816349085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.45452818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50124.808965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.045153461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9441577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.23668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02125811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0760.62611332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0680.62611331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9090.92114124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3080.84511746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 153 -
Rwork0.358 5843 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3933-0.77630.6930.2995-0.25990.74330.45870.7983-0.1226-0.0247-0.30780.0760.23960.3485-0.15090.51560.1539-0.00490.6603-0.13670.692866.9517-46.56036.7467
20.3605-0.4259-0.1641.09140.47492.7548-0.17320.0958-0.050.3756-0.00150.2134-0.14830.16740.17470.7441-0.00160.10260.3188-0.02520.5765-5.3083-48.069518.5159
30.2055-0.1980.21250.25640.0741.6602-0.0893-0.0745-0.0457-0.00010.14050.0675-0.17570.4711-0.05120.3939-0.1491-0.050.78430.14220.612819.0927-70.1412-48.3149
40.3451-0.1159-0.52481.4165-0.22381.113-0.0795-0.01780.0634-0.1145-0.126-0.19820.275-0.03420.20550.5554-0.01370.03760.40780.02290.68124.8871-18.4086-29.6244
51.14-0.14420.68940.87420.30461.15880.15270.17560.0516-0.0092-0.25520.0577-0.0129-0.07320.10250.39630.00370.01440.5426-0.04430.679837.7768-30.57657.3425
60.16890.17070.25971.51490.24261.01340.11620.12970.03080.3165-0.07340.2419-0.1240.0785-0.04270.5203-0.00680.12020.39170.01960.732453.4081-17.9056-25.1224
71.0415-0.003-0.71341.31340.16221.1552-0.13290.14090.00520.3623-0.14210.28110.35650.08750.2750.5328-0.03170.15880.3608-0.00720.765347.7493-50.5656-26.9343
80.4933-0.11210.23741.0389-0.57031.59420.0020.0003-0.0071-0.0542-0.0831-0.1657-0.4010.04270.0810.6059-0.0571-0.02560.36960.03230.692861.2067-84.2178-33.1248
90.3966-0.1119-0.35132.4540.78040.5843-0.16030.0692-0.01280.18510.06060.14260.24720.08730.09970.6342-0.00490.07050.3889-0.00790.6013.0682-84.7808-13.9498
100.13660.3731-0.29781.7055-0.68692.3570.24650.0841-0.07981.1394-0.1688-0.0241-0.9375-0.1167-0.07771.3338-0.0696-0.02250.2771-0.06350.559950.7868-81.13882.7857
110.2598-0.3799-0.20121.56510.44911.16620.0789-0.1762-0.0454-0.35430.0170.0455-0.2630.1023-0.09590.6565-0.05090.0290.3753-0.00780.60895.1731-51.9231-17.2033
120.66060.3777-0.00511.006-0.05041.45850.18050.17350.08280.5117-0.22770.01280.267-0.13750.04720.7942-0.15860.04010.3331-0.05070.5637-11.6548-15.12233.6181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 233
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 234
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 234
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 234
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 234
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 234
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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