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万見
- PDB-4d52: CRYSTAL STRUCTURE OF FUCOSE BINDING LECTIN FROM ASPERGILLUS FUMIG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d52
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FUCOSE BINDING LECTIN FROM ASPERGILLUS FUMIGATUS (AFL) IN COMPLEX WITH L-GALACTOPYRANOSE.
要素(FUCOSE-SPECIFIC LECTIN ...) x 3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion of symbiont to host cell surface via host glycoprotein / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-galactopyranose / alpha-L-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Houser, J. / Cioci, G. / Komarek, J. / Wimmerowa, M. / Kostlanova, N. / Lahmann, M. / Varrot, A. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural Insights Into Aspergillus Fumigatus Lectin Specificity: Afl Binding Sites are Functionally Non-Equivalent.
著者: Houser, J. / Komarek, J. / Cioci, G. / Varrot, A. / Imberty, A. / Wimmerova, M.
履歴
登録2014年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年3月11日ID: 4UQ7
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
B: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
C: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
D: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,56149
ポリマ－138,5784
非ポリマー6,98345
水19,0961060
1
A: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,28011
ポリマ－34,6121
非ポリマー1,66810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,37013
ポリマ－34,6441
非ポリマー1,72612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,71114
ポリマ－34,6761
非ポリマー2,03513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,19911
ポリマ－34,6441
非ポリマー1,55410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.030, 70.440, 117.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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FUCOSE-SPECIFIC LECTIN ... , 3種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA / AFL


分子量: 34612.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WW81
#2: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA / AFL


分子量: 34644.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WW81
#3: タンパク質 FUCOSE-SPECIFIC LECTIN FLEA / AFL


分子量: 34676.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WW81

-
糖 , 2種, 26分子

#4: 糖
ChemComp-GXL / alpha-L-galactopyranose / alpha-L-galactose / L-galactose / galactose / α-L-ガラクトピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
LGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-GIV / beta-L-galactopyranose / beta-L-galactose / L-galactose / galactose / β-L-ガラクトピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
LGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1079分子

#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM CACL2, 25% PEG 4K AND 100 MM TRIS, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→34.44 Å / Num. obs: 121067 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AGI

4agi


解像度: 1.76→111.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.106 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1778 6078 5 %RANDOM
Rwork0.15374 ---
obs0.15493 114970 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20.81 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→111.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9753 0 454 1060 11267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0210406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.95214178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.779321510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.53651263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94623.713474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.926151448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.231555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0131.6025031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0131.6025030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6192.3986286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4421.7785375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.755→1.801 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 436 -
Rwork0.256 8319 -
obs--95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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