- PDB-4d4n: Nitrosyl complex of the D121A variant of cytochrome c prime from ... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4d4n
タイトル
Nitrosyl complex of the D121A variant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans
要素
CYTOCHROME C'
キーワード
OXIDOREDUCTASE / PROXIMAL NO / GAS SENSING
機能・相同性
機能・相同性情報
electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c prime / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c, class II / Cytochrome C' / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性
モノクロメーター: SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.45→9.3 Å / Num. obs: 27816 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.1
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0073
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.45→46.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.20074
1399
5 %
RANDOM
Rwork
0.15919
-
-
-
obs
0.1613
26396
97.67 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK