プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3.16→88.57 Å / Num. obs: 14400 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 98.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル
解像度: 3.16→3.17 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.11.6
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.16→88.57 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.352 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2186
723
5.08 %
RANDOM
Rwork
0.2071
-
-
-
obs
0.2076
14220
98.9 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 77.58 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-8.8419 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-8.8419 Å2
0 Å2
3-
-
-
17.6839 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.639 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3.16→88.57 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3487
0
48
57
3592
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.008
3611
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.03
4912
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1234
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
88
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
550
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3611
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
2.72
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
18.57
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
470
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
4076
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 3.16→3.41 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2203
160
5.59 %
Rwork
0.232
2702
-
all
0.2314
2862
-
obs
-
-
98.9 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -30.0861 Å / Origin y: -27.8901 Å / Origin z: -8.841 Å