PDB-4d4f: Mutant P250A of bacterial chalcone isomerase from Eubacterium ramulus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d4f

タイトル

Mutant P250A of bacterial chalcone isomerase from Eubacterium ramulus

要素

CHALCONE ISOMERASE

カルコンイソメラーゼ

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

FLAVONOIDS (フラボノイド) / NON-PROLYL CIS-PEPTIDE

機能・相同性

Chalcone isomerase, N-terminal / Chalcone isomerase N-terminal domain /

カルコンイソメラーゼ /

chalcone isomerase activity /

カルコンイソメラーゼ

機能・相同性情報

生物種

EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Kratzat, H. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for (2 R ,3 R )-Taxifolin Binding and Reaction Products to the Bacterial Chalcone Isomerase of Eubacterium ramulus.
著者: Palm, G.J. / Thomsen, M. / Berndt, L. / Hinrichs, W.

履歴

登録	2014年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d4f.cif.gz	687.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d4f.ent.gz	574.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b7rC 8b7uC 8b7zC 4c9sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c9s-d 4c9t-d 3zph-d 5ce8-1 4y0k-1 1cw3-2 1cw3-1 4d06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CHALCONE ISOMERASE

B: CHALCONE ISOMERASE

C: CHALCONE ISOMERASE

D: CHALCONE ISOMERASE

E: CHALCONE ISOMERASE

F: CHALCONE ISOMERASE

ヘテロ分子

197 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.400, 201.461, 204.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2168- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.02381, -0.21889, -0.97546), (-0.22855, -0.95109, 0.20784), (-0.97324, 0.218, -0.07267)	148.9796, 256.08527, 97.70351
2	given	(0.07915, 0.10103, 0.99173), (0.99648, 0.01961, -0.08153), (-0.02768, 0.99469, -0.09912)	61.00307, 18.09412, -93.84044
3	given	(-0.19096, -0.97159, 0.13983), (-0.97165, 0.16687, -0.16749), (0.1394, -0.16785, -0.97591)	238.06216, 205.16751, 49.54575
4	given	(0.07733, 0.99651, -0.03147), (0.10711, 0.02307, 0.99398), (0.99124, -0.08023, -0.10495)	-25.11205, 85.71589, -68.15733
5	given	(-0.99013, 0.09095, -0.10664), (0.08041, -0.25463, -0.96369), (-0.11481, -0.96275, 0.2448)	196.59534, 165.51802, 145.5105

#1: タンパク質	CHALCONE ISOMERASE / カルコンイソメラーゼ分子量: 32511.893 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) EUBACTERIUM RAMULUS (バクテリア) 解説: DSM 16296 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: V9P0A9, カルコンイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	P250A MUTATION INTRODUCED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.5 % 解説: THE RESIDUES 248-252 OF 4C9S WERE NOT INCLUDED IN THE TEMPLATE FOR MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化	pH: 7.5 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE; CRYO: 2.4 M AMMONIUM SULPHATE, 22% GLYCEROL, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→49.2 Å / Num. obs: 151554 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 33 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C9S

4c9s

解像度: 2.34→143.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 9.473 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17486	7615	5 %	RANDOM
R_work	0.14661	-	-	-
obs	0.14803	143935	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→143.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12930	0	82	1400	14412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	13618
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.943	18542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	3	28970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.623	5	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.748	24.112	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.356	15	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.327	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.355	2.165	6370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.356	2.165	6369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.206	3.238	7959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.607	2.273	7248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	535	-
R_work	0.225	10615	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0501	0.0089	0.0458	0.2217	-0.028	0.2747	-0.0073	0.0224	0.0123	0.0588	-0.0037	0.0139	-0.0097	-0.0064	0.0111	0.1596	-0.0009	0.0188	0.0142	-0.0004	0.1646	96.4494	135.0764	46.0102
2	0.1725	-0.0343	0.0382	0.2356	0.063	0.1143	-0.0108	0.0035	-0.0012	0.0152	-0.0052	0.0658	0.0574	-0.0023	0.016	0.1307	-0.0261	0.0174	0.0149	-0.0137	0.1951	76.9813	115.6515	29.637
3	0.1497	-0.038	0.0326	0.2778	0.0348	0.1079	0.0118	0.0401	0.0371	-0.019	-0.0275	-0.021	0.0123	0.0313	0.0156	0.1177	0.0027	0.0343	0.0588	0.0293	0.1602	115.17	145.0947	11.6848
4	0.2536	0.1094	-0.052	0.13	0.0969	0.2476	-0.0003	0.0562	0.0111	-0.0253	0.0205	0.0332	0.0158	-0.0054	-0.0202	0.147	0.0088	-0.0036	0.0802	-0.0089	0.1068	94.8599	126.3256	-4.7151
5	0.2394	0.0453	-0.0608	0.3075	0.0774	0.0958	-0.0196	-0.0144	-0.0099	0.0322	-0.0136	-0.0551	0.0419	0.0387	0.0332	0.1059	0.0442	0.0055	0.06	0.026	0.171	127.7635	113.2388	32.8244
6	0.0614	0.0787	0.0512	0.3232	-0.1093	0.2338	-0.0099	0.0076	-0.0144	-0.0457	-0.0185	-0.0282	0.08	0.0222	0.0284	0.205	0.0253	0.0449	0.012	-0.0183	0.1502	108.561	94.7624	14.7481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 500
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 500
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 500
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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