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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d4f | ||||||
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タイトル | Mutant P250A of bacterial chalcone isomerase from Eubacterium ramulus | ||||||
![]() | CHALCONE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / FLAVONOIDS / NON-PROLYL CIS-PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | Chalcone isomerase, N-terminal / Chalcone isomerase N-terminal domain / chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / Chalcone isomerase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thomsen, M. / Kratzat, H. / Hinrichs, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for (2 R ,3 R )-Taxifolin Binding and Reaction Products to the Bacterial Chalcone Isomerase of Eubacterium ramulus. 著者: Palm, G.J. / Thomsen, M. / Berndt, L. / Hinrichs, W. #1: ![]() タイトル: Enzymatic Conversion of Flavonoids Using Bacterial Chalcone Isomerase and Enoate Reductase. 著者: Gall, M. / Thomsen, M. / Peters, C. / Pavlidis, I.V. / Jonczyk, P. / Grunert, P.P. / Beutel, S. / Scheper, T. / Gross, E. / Backes, M. / Geissler, T. / Ley, J.P. / Hilmer, J. / Krammer, G. / ...著者: Gall, M. / Thomsen, M. / Peters, C. / Pavlidis, I.V. / Jonczyk, P. / Grunert, P.P. / Beutel, S. / Scheper, T. / Gross, E. / Backes, M. / Geissler, T. / Ley, J.P. / Hilmer, J. / Krammer, G. / Palm, G.J. / Hinrichs, W. / Bornscheuer, U.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 687.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 574.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 102.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32511.893 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: DSM 16296 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | P250A MUTATION INTRODUCED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.5 % 解説: THE RESIDUES 248-252 OF 4C9S WERE NOT INCLUDED IN THE TEMPLATE FOR MOLECULAR REPLACEMENT. |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE; CRYO: 2.4 M AMMONIUM SULPHATE, 22% GLYCEROL, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 SODIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→49.2 Å / Num. obs: 151554 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4C9S 解像度: 2.34→143.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 9.473 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.34→143.47 Å
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拘束条件 |
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