PDB-4d4a: Structure of the catalytic domain (BcGH76) of the Bacillus circul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d4a

タイトル

Structure of the catalytic domain (BcGH76) of the Bacillus circulans GH76 alpha mannanase, Aman6.

要素

ALPHA-1,6-MANNANASE

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH76 / CAZY / MANNAN / ENZYME-CARBOHYDRATE INTERACTION / GLYCOSIDASE INHIBITION / QUANTUM MECHANICS / TRANSITION STATE

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Thompson, A.J. / Speciale, G. / Iglesias-Fernandez, J. / Hakki, Z. / Belz, T. / Cartmell, A. / Spears, R.J. / Stepper, J. / Gilbert, H.J. / Rovira, C. ...

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Evidence for a Boat Conformation at the Transition State of Gh76 Alpha-1,6-Mannanases- Key Enzymes in Bacterial and Fungal Mannoprotein Metabolism
著者: Thompson, A.J. / Speciale, G. / Iglesias-Fernandez, J. / Hakki, Z. / Belz, T. / Cartmell, A. / Spears, R.J. / Chandler, E. / Temple, M.J. / Stepper, J. / Gilbert, H.J. / Rovira, C. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2014年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d4a.cif.gz	324.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d4a.ent.gz	263.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d4bC 4d4cC 4d4dC 5agdC 3k7xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6t8w-1 6t8v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.843, 85.419, 102.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ALPHA-1,6-MANNANASE 分子量: 40930.859 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / 株: TN31 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q9Z4P9, mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M AMMONIUM NITRATE, PH 6.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→43.8 Å / Num. obs: 141868 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K7X

3k7x

解像度: 1.4→65.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 2.037 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15423	6900	4.9 %	RANDOM
R_work	0.116	-	-	-
obs	0.11786	134900	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→65.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5408	0	28	965	6401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	5715
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5063
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.897	7787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.84	3	11642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.247	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.21	25.196	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.325	15	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.991	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6713
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.076	0.2	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.286	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	1.694	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.643	1.693	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.092	2.543	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.541	1.946	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.951	2.822	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.855	3	10778
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	40.671	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.079	5	11302

LS精密化シェル

解像度: 1.399→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	514	-
R_work	0.245	9672	-
obs	-	-	96.52 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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