PDB-4d44: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-et...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d44

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-ethyl- 4-fluoro-2-((2-fluoropyridin-3-yl)oxy)phenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: An Ordered Water Channel in Staphylococcus Aureus Fabi: Unraveling the Mechanism of Substrate Recognition and Reduction.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Merget, B. / Bommineni, G.R. / Yu, W. / Spagnuolo, L.A. / Baxter, M.V. / Tareilus, M. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / Sotriffer, C.A.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4d44.ent.gz	708.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4d44_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d44_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	4d44_validation.xml.gz	94.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d44	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d41C 4d42C 4d43C 4d45C 4d46C 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d41-2 4bnj-2 4alj-2 4d42-1 4bni-1 4alk-1 4d45-1 4bnf-1 4bnh-1 3ojf-d 6yur-3 4bng-2 4bnm-1 4d42-2 6tbb-2 6tbb-1 6tbc-1 4d43-2 2qio-d 4alj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

259 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.970, 94.740, 94.800
Angle α, β, γ (deg.)	98.06, 97.38, 112.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌) プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, EC: 1.3.1.10, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific)

#1: タンパク質

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE

分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: PETM-11 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, EC: 1.3.1.10, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific)

-
非ポリマー , 5種, 1373分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-JA3 / 5-ethyl-4-fluoro-2-[(2-fluoropyridin-3-yl)oxy]phenol 分子量: 251.229 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁F₂NO₂
#5: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 41% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→33.64 Å / Num. obs: 254237 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 1.8→33.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 4.21 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17029	12770	5 %	RANDOM
R_work	0.14033	-	-	-
obs	0.14184	241457	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.88 Å²	-0.12 Å²	-0.19 Å²
2-	-	-0.8 Å²	-1 Å²
3-	-	-	-1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15640	0	652	1343	17635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	17174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	2.004	23274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.11	5	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.95	24.742	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.985	15	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.837	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	13272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.536	1.5	10448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.344	2	16738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.178	3	6726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.415	4.5	6512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	937	-
R_work	0.266	17641	-
obs	-	-	96.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3528	0.1282	0.7481	1.9177	-0.2369	2.5286	0.007	-0.0555	0.1602	-0.0482	0.0305	-0.1163	-0.4395	0.3336	-0.0375	0.1185	-0.0869	0.0172	0.1282	0.0225	0.0989	34.5354	-18.8767	-6.1761
2	2.854	-0.3253	1.8834	0.7334	0.2672	3.8193	-0.0079	0.2197	0.2736	-0.2076	-0.0277	-0.1244	-0.5597	0.3605	0.0356	0.1867	-0.0915	0.0567	0.1259	0.0508	0.1303	33.5786	-15.9165	-14.5596
3	0.7935	0.1929	-0.1252	0.9346	-0.2711	0.9594	-0.0112	0.1552	0.0572	-0.2571	0.0307	-0.0784	-0.0819	0.2027	-0.0195	0.138	-0.0109	0.0183	0.1625	0.0195	0.1141	29.1075	-29.4858	-15.4906
4	0.996	0.3524	-0.2461	0.8792	-0.0467	1.0547	-0.0077	0.035	-0.012	-0.1481	0.0311	-0.0128	0.0149	0.1538	-0.0233	0.0992	0.0355	-0.0057	0.0834	0.0124	0.0865	23.4453	-35.8847	-7.2058
5	0.6683	-0.32	0.1461	1.02	0.0011	1.1846	0.0445	0.0153	0.0067	-0.041	0.0054	-0.0426	-0.0173	0.1456	-0.0499	0.0617	0.0214	0.0074	0.0969	0.0082	0.0956	26.9425	-35.8057	-1.0677
6	3.5113	0.2568	-1.7263	0.7809	0.9486	10.1599	0.0599	0.1061	0.288	-0.085	-0.0009	0.1208	-0.3492	-0.808	-0.059	0.1045	0.0544	0.0003	0.0872	0.0236	0.1411	12.87	-19.6977	2.8301
7	0.7605	-0.1401	0.2505	0.7603	-0.0384	1.1632	-0.0021	-0.0653	0.0244	0.0578	0.0071	-0.0265	-0.1891	0.1862	-0.005	0.0693	-0.0236	0.0033	0.1157	-0.0072	0.1037	28.2643	-24.9813	7.8319
8	2.3591	0.0096	-0.4589	2.103	0.3756	2.8184	-0.0034	-0.0778	-0.1687	0.0341	-0.001	0.1497	0.5958	-0.2125	0.0044	0.1681	-0.0625	0.0005	0.036	-0.0095	0.1403	5.0195	-63.3478	1.1301
9	2.9466	-0.5068	-1.7618	1.6156	0.4692	4.2686	0.0531	0.0952	-0.3268	-0.0141	-0.1023	0.2291	0.622	-0.2267	0.0492	0.2106	-0.0789	-0.0315	0.052	-0.0432	0.1848	3.4255	-67.2237	-6.2448
10	2.1724	0.227	-0.0347	0.8418	0.3405	1.2049	-0.0561	0.1981	-0.0947	-0.161	-0.0112	0.1596	0.226	-0.173	0.0673	0.158	-0.0132	-0.0352	0.097	-0.0219	0.1568	6.9292	-54.1206	-10.5132
11	1.6924	0.6284	-0.218	0.9119	0.0238	1.0157	-0.0219	0.0297	-0.0054	-0.1437	-0.0001	0.1113	0.1103	-0.0698	0.022	0.1005	0.0385	-0.0193	0.0466	-0.0105	0.1071	14.5292	-47.0058	-5.382
12	0.5896	-0.2277	-0.028	0.9314	0.204	1.1381	-0.0317	0.0159	-0.0662	0.0117	0.006	0.0708	0.0925	-0.0209	0.0257	0.083	0.0258	-0.0059	0.0575	-0.0004	0.1145	13.4713	-46.2138	1.6163
13	4.1508	-0.5758	2.2045	1.18	0.0132	11.1165	0.0457	0.4249	-0.2752	-0.1242	0.0851	-0.1063	0.4375	1.0529	-0.1308	0.2185	0.1056	0.0428	0.1603	-0.0231	0.225	28.3224	-61.7221	3.1223
14	0.5585	-0.0194	-0.0278	0.5859	0.06	1.22	0.0121	-0.0608	-0.0546	0.099	-0.0276	0.0292	0.2908	0.0204	0.0155	0.1352	0.0289	0.0167	0.0783	0.0186	0.1259	14.8466	-55.4079	11.9366
15	1.9596	-0.2565	0.2056	2.2231	0.0991	2.5693	0.0618	-0.168	-0.1318	0.1683	-0.0451	0.1176	0.3884	-0.2964	-0.0167	0.1542	-0.065	0.0735	0.09	0.0224	0.0888	1.8303	-53.3521	30.2459
16	0.5687	-0.2793	-0.1785	3.0816	2.0232	3.9861	-0.0802	-0.2232	-0.1487	0.3956	0.0154	0.2663	0.4696	-0.4093	0.0648	0.2171	-0.0829	0.1018	0.1985	0.057	0.1284	-0.505	-53.1188	38.7
17	0.9057	0.5023	-0.2713	1.7829	-0.5359	1.5552	0.064	-0.327	-0.1113	0.3224	-0.0854	0.0639	0.2306	0.0438	0.0214	0.1774	0.0024	0.0434	0.1305	0.0533	0.0404	13.1021	-49.4923	38.8819
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	215 - 256
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	3 - 29
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	30 - 61
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	62 - 104
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	105 - 154
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	155 - 193
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	194 - 214
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	215 - 256
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	3 - 29
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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