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- PDB-4d3m: Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d3m
タイトルStructure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with 3-(2-(6-Amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)-5-(2-(4-methyl-6-(methylamino)pyridin-2-yl)ethyl)benzonitrile
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IVU / N-PROPANOL / Nitric oxide synthase oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.741 Å
データ登録者Holden, J.K. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-based design of bacterial nitric oxide synthase inhibitors.
著者: Holden, J.K. / Kang, S. / Hollingsworth, S.A. / Li, H. / Lim, N. / Chen, S. / Huang, H. / Xue, F. / Tang, W. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2014年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0377
ポリマ－41,7871
非ポリマー1,2506
水5,080282
1
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,07414
ポリマ－83,5742
非ポリマー2,49912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-55.7 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.380, 95.697, 63.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2260-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE / NOSOXY-LIKE PROTEIN


分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165

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非ポリマー , 6種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IVU / 3-[2-(6-AMINO-4-METHYLPYRIDIN-2-YL)ETHYL]-5-{2-[4-METHYL-6-(METHYLAMINO)PYRIDIN-2-YL]ETHYL}BENZONITRILE


分子量: 385.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N5
#5: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細E25A, E26A, E316A INTRODUCED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 %
解説: CC ONE HALF FOR FULL DATASET AT 0.997 CC ONE HALF FOR HIGH RESOLUTION SHELL AT 0.867
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→52.66 Å / Num. obs: 50162 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 20.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LWA

4lwa


解像度: 1.741→52.662 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 2558 5.1 %
Rwork0.1668 --
obs0.1678 49954 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.741→52.662 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 87 282 3310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2224236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8211157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7408-1.77430.27781140.22492456X-RAY DIFFRACTION94
1.7743-1.81050.24911440.22022588X-RAY DIFFRACTION99
1.8105-1.84990.21981480.20472604X-RAY DIFFRACTION99
1.8499-1.89290.22811490.19292586X-RAY DIFFRACTION99
1.8929-1.94030.24571530.20052547X-RAY DIFFRACTION98
1.9403-1.99270.20121470.17432601X-RAY DIFFRACTION99
1.9927-2.05140.19751330.17412628X-RAY DIFFRACTION99
2.0514-2.11760.20791250.17482645X-RAY DIFFRACTION99
2.1176-2.19330.18251300.1662643X-RAY DIFFRACTION99
2.1933-2.28110.1831470.17872601X-RAY DIFFRACTION99
2.2811-2.38490.19231640.1692605X-RAY DIFFRACTION99
2.3849-2.51060.21271670.17132621X-RAY DIFFRACTION99
2.5106-2.66790.19821360.16612654X-RAY DIFFRACTION100
2.6679-2.87390.21471260.17122685X-RAY DIFFRACTION100
2.8739-3.16310.19031290.16552677X-RAY DIFFRACTION100
3.1631-3.62070.17821390.16332691X-RAY DIFFRACTION100
3.6207-4.56130.14511490.14052735X-RAY DIFFRACTION100
4.5613-52.68560.16981580.15682829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.5688 Å / Origin y: 19.763 Å / Origin z: 22.9924 Å
111213212223313233
T0.1287 Å2-0.0023 Å20.0147 Å2-0.1189 Å2-0.0183 Å2--0.1422 Å2
L0.9013 °20.2049 °20.2044 °2-1.4985 °2-0.3691 °2--0.9935 °2
S-0.0393 Å °0.1373 Å °0.0642 Å °-0.1966 Å °0.0319 Å °-0.0249 Å °-0.072 Å °0.0584 Å °0.0042 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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