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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d35 | ||||||
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タイトル | Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with N-2-(2-(1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-4-yl)ethyl-3-(3- fluorophenyl)propan-1-amine | ||||||
![]() | NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel 2,4-Disubstituted Pyrimidines as Potent, Selective, and Cell-Permeable Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase. 著者: Mukherjee, P. / Li, H. / Sevrioukova, I. / Chreifi, G. / Martasek, P. / Roman, L.J. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 338.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 286.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4d2yC ![]() 4d2zC ![]() 4d30C ![]() 4d31C ![]() 4d32C ![]() 4d33C ![]() 4d34C ![]() 4d36C ![]() 4d37C ![]() 4d38C ![]() 4d39C ![]() 4d3aC ![]() 4d3bC ![]() 4uchC ![]() 4v3uC ![]() 4v3vC ![]() 4v3wC ![]() 4v3xC ![]() 4v3yC ![]() 4v3zC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, UNP RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 208分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/4E8.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 化合物 | ChemComp-ZN / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: RPIM 0.643 CC ONE HALF 0.652 |
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結晶化![]() | pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350, 0.1 M CACODYLATE, 150-200 MM MG ACETATE, 5 MM TCEP, pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 50670 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 54.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 89.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED RESIDUES 110 TO 120 IN BOTH CHAIN A AND CHAIN B ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.767 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→87.78 Å
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拘束条件 |
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